柯南去看望同學(xué)片岡純，結(jié)果被人誤認(rèn)為是純而遭到綁架。很快，綁架犯吉澤正向純的父親片岡茂電話要求贖金3千萬圓。并且指名交付贖金的必須是片岡的再婚的對方江崎幸子。吉澤在公園得到放有幸子送去的贖金的蜂蜜便當(dāng)，乘輕四輪車逃走。但是，在警察的追蹤中，車子突然消失在隧道里！

在聽取了觀野家主婦節(jié)子與她的婆婆彌生、以及事件前剛剛到訪的津曲水貴和三重仿春4人的供詞之后。柯南從女兒節(jié)人偶的排列方式上發(fā)現(xiàn)了事件的真相。在柯南的解說之下大家終于找到消失掉的卷軸。而藏起這個卷軸的正是老婆婆。她告訴眾人這幅卷軸的由來以及自己為了孩子賣掉卷軸的事情。而詛咒的卷軸的謠言也最終不攻自破了。

與黑色組織面對面 滿月之夜的兩起神秘事件(之四)真相大白之后，兇手卻說都是蓓摩特逼他殺的人，然而不論何種理由都不能洗刷他殺人的事實(shí)，當(dāng)大家都還沉浸在推理中，工藤新一卻再次揭掉了面具，此人的真正身份竟然是服部平次！而還在碼頭對峙的茱蒂與蓓摩特也都采取了行動，原本處在上風(fēng)的茱蒂卻被身在暗處的蓓摩特的同伙射傷，局勢發(fā)生了扭轉(zhuǎn)，就在蓓摩特舉槍滅口時，柯南出現(xiàn)……

此次幽靈恐慌的第二天，柯南他們下榻的民宅的主人—永倉先生被人襲擊了。永倉先生雖然沒有生命危險，但是犯人是誰卻不得而知。警察以重要參照人為理由帶走了從在進(jìn)行地球遺產(chǎn)登陸委員會那里派來的缺德調(diào)查官川治，但柯南卻發(fā)覺這其中不自然的地方，最終少年偵探團(tuán)的各位找到了真正的犯人并將找出了幽靈少女的真相。

平松正樹刺殺了社長梅谷四朗，在乘車逃走的中途墜下懸崖死亡。警方判斷為事故，柯南卻確信此為殺人事件。看到梅谷被平松刺殺時的錄像帶后的柯南發(fā)覺了某種奇妙的違和感，在調(diào)查停車場后發(fā)現(xiàn)了一些奇怪的痕跡后解明了事件真相。在“沉睡的小五郎”的推理中犯人最終承認(rèn)了罪行。