步美發(fā)現(xiàn)圖書館的書被人撕掉了一頁(yè)，氣憤的她決定找出“元兇”，根據(jù)借書卡的記載，柯南和步美找到了內(nèi)藤司，可他今天卻沒上課，與此同時(shí)，學(xué)校的巖石標(biāo)本也人被偷偷走，柯南認(rèn)為這可能是司所為，于是找到了他家，在查看了司的房間后，他們發(fā)現(xiàn)了一張寫有暗號(hào)的字條，少年偵探團(tuán)集結(jié)智慧，終于在大濱海灘找到了想要喚回逝去母親的司。

柯南在和大家一起吃壽司的時(shí)候?qū)⑿∥謇陕樽恚?dāng)面戳穿了前來領(lǐng)獎(jiǎng)的兩名冒牌貨，幫胡桃找到了記憶中的少年。雖然這件事情成功解決，但是十五年前的連續(xù)殺人案卻依舊找不到眉目，案件將在三天后失效，可目前追查兇手的線索卻只有有兩條。在柯南一行人去步美家玩的時(shí)候，灰原說自己在這棟公寓里遇見了一個(gè)穿著大衣吹著口哨的男人，難道十五年前的殺人兇手出現(xiàn)了？

30年前，莊堂胡桃被一位少年從車禍中救回一命，如今，她想把偶然中得的一億獎(jiǎng)金轉(zhuǎn)送給自己的恩人，線索就是少年身上巨大的疤痕以及夏日海灘的記憶，期間，有兩名男子前來認(rèn)領(lǐng)，為了辨認(rèn)誰才是正牌貨，柯南他們來到了莊堂家，沒想到在這里碰到了正在追查快要超過追訴期的殺人案的目暮警官，因?yàn)槟敲麅词稚砩弦灿幸坏纻邸．?dāng)晚，小五郎泡澡的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)管家保谷泰輔背上有一道傷痕，胡桃回憶中的少年究竟是誰呢？

服部、和葉來到東京與柯南他們賞櫻的時(shí)候，一名來自升岳寺的小和尚突然找到小五郎拜托他調(diào)查一件古怪的事情，他說幾天前寺里來的一個(gè)女施主腹部刺傷血流遍地的倒在別館里，但當(dāng)他叫師父和警察來時(shí)，屋內(nèi)卻空空如也。于是，柯南，服部等人一同前往調(diào)查，除了在屋內(nèi)發(fā)現(xiàn)耳環(huán)固定夾再?zèng)]有別的線索，就在他們離開之前小和尚傳久說屋里又有女尸，待柯南趕到時(shí)，卻什么也沒有，難道這都是傳久的幻覺？

在東京的松陰神社，少年偵探團(tuán)及時(shí)救下了被男子襲擊的小早川公子小姐，為了尋找她爺爺藏起來的足以買下國(guó)家價(jià)值連城的寶藏，大伙一起前往她的老家津和野在中途的新山口車站，遇到了自稱是公子小姐的朋友川子茂先生，但柯南和灰原注意到這并非他的真名，到達(dá)之后，他們又發(fā)現(xiàn)了新的暗號(hào)，順著線索來到了萩市，沒想到襲擊公子小姐的人那些人將灰原、光彥和公子小姐帶走。