步美偶然撞上的殺人魔在逃。根據(jù)在她手上留下的痕跡，柯南和佐藤警官確定了犯人所乘車輛的車種，之后緊急拘捕了3名嫌疑者。因為犯人可能持有沾血的鑰匙，柯南推測鑰匙孔里會有血便請求測試熒光反應(yīng)，但是竟然都沒有檢測出反應(yīng)！就在這時柯南發(fā)現(xiàn)了犯人躲避檢測的發(fā)法，在柯南的協(xié)助下警方終于逮捕了犯人。

柯南和小蘭跟著小五郎來到關(guān)門海峽，還在這里認(rèn)識四個高中時代就是同學(xué)的年輕人，沒想到第二天，他們的另外一名高中同學(xué)真尾被人發(fā)現(xiàn)橫尸關(guān)門橋下，起初警方懷疑兇手就在與死者見過面的那四名同學(xué)中，然而他們都有不在場證明，偵訊過后四個人都擺脫了嫌疑，但柯南卻發(fā)現(xiàn)了破綻。

柯南、小蘭與小五郎因車子沒油了，得到木山家具社長馬島的款待。社長家的宅院每天會流三次水的組合石庭。在去客廳的途中眾人偶遇馬島與下屬發(fā)生沖突的一面。這天木山家具為了紀(jì)念1號店，聚集了眾多相關(guān)者開宴會。而從設(shè)計石庭的前社長的兒子、木山智則開始，出席者仿佛都記恨馬島。清晨突然發(fā)現(xiàn)馬島社長死在了石庭的中央！

正當(dāng)小蘭她們陷入困境的時候新一卻打來了電話，小蘭在電話里說明了現(xiàn)場的情況并指出有三個奇怪的客人借用過便利店的廁所。但是，貨物不見的那天，按規(guī)定只有七川值班。在新一的引導(dǎo)下小蘭確定了犯人的身份，并按照新一的提示找出了犯人。而店長以償還偷盜物品為由留下了陷入困境的犯人。七川也洗清了嫌疑。

為了找到兇器柯南再次返回案發(fā)現(xiàn)場進行調(diào)查，并要求重新查看嫌疑人的證物，這時，他注意到了貼在地板上的走位標(biāo)記，并在這些膠帶下面發(fā)現(xiàn)了棉花，這些線索無疑讓他知道了兇器的位置以及兇手的犯案手法，正當(dāng)他準(zhǔn)備麻醉小五郎時，卻發(fā)現(xiàn)麻醉針已經(jīng)沒有了，他只能直接給小五郎提供線索，沒想到小五郎竟然單獨找瑠璃談話，難道他懷疑瑠璃，所以要勸她自首？