沒過多久，綁匪就打來(lái)電話威脅柯南他們盡快找到寶藏，不然難保灰原他們安全。人命關(guān)天，柯南絞盡腦汁想要破解暗號(hào)，他發(fā)現(xiàn)萩市地圖與貓圖相吻合，而貓眼的地方就是線索的所在，于是，他們來(lái)到了円政寺，并在這里找到了日記中被撕掉的一頁(yè)，柯南將這些零散的圖片拼接成一條路線，大伙兒照此地圖找到了一個(gè)地下山洞，就在寶物將要到手之時(shí)，黑衣人綁匪出現(xiàn)……

小蘭從昏迷中醒來(lái)時(shí)發(fā)現(xiàn)自己在一個(gè)小木屋里，并且身上的傷也被人包扎好了，這時(shí)，小五郎他們也找到了這里，服部在隔壁的房間發(fā)現(xiàn)了很多新線索，他把案件從新理順后，將所有人都叫到了村長(zhǎng)家，并指認(rèn)這個(gè)用刀刺傷河內(nèi)深里的人就是他身旁的工藤新一，沒想到被揭穿后，新一竟然嚎啕大哭并主動(dòng)承認(rèn)自己的罪行，就在這時(shí)，死羅神出現(xiàn)。

茱蒂老師以卡梅隆搜查官女朋友的身份出現(xiàn)瞞過了木暮警官，這時(shí)，警方找到了一個(gè)裝有雨衣和兇器的紙袋并且還在死者的便簽本上發(fā)現(xiàn)了一句疑似死亡訊息的話，根據(jù)這些線索，就連第一個(gè)發(fā)現(xiàn)尸體的女秘書也成了懷疑的對(duì)象。另一方面，水無(wú)憐奈雖然重新回到黑暗組織，卻遭到組織的懷疑，為了證實(shí)她是否被FBI所籠絡(luò)，組織派給她一件任務(wù)，那就是殺掉赤井秀一。

小林老師在圖書館里發(fā)現(xiàn)了一個(gè)牛皮錢包，那里放了小學(xué)一年級(jí)時(shí)小蘭留的字條。事情追溯到十年前，為證實(shí)謠言的真假，小蘭和新一夜訪校園，不想?yún)s在學(xué)校圖書館遇到了一個(gè)自稱是新一弟弟的神秘男子，他向新一發(fā)出挑戰(zhàn)并在留下了一個(gè)裝有暗號(hào)的牛皮錢包后離開。于是，新一和小蘭二人就在阿笠博士的幫助下展開了解謎暗號(hào)的尋寶之旅！

最近，都市里出現(xiàn)了一名專門襲擊長(zhǎng)發(fā)女子的榔頭男，警方根據(jù)目擊者的通報(bào)找到了榔頭男的住所并在周圍展開了監(jiān)視，期間，有三個(gè)人陸續(xù)進(jìn)出過榔頭男的房間，他們分別是宅配快遞員、機(jī)車送貨員和披薩外送員，考慮到這可能是兇嫌所使用的調(diào)虎離山計(jì)，警方匆忙沖進(jìn)了他的房間，不想?yún)s發(fā)現(xiàn)一名疑似榔頭男的人倒在屋內(nèi)。