看似自殺的案件還存在著很多疑點，現場留下的物件和快速轉臺的情況讓柯南明白了作案手法，而能夠作為決定性證據的物品還藏在真正的兇手身上。奶奶受到的訊息讓恩田的謊言不攻自破，而作為冒牌小五郎的他正處于尷尬的境地，察覺到背后隱情的柯南并不準備揭穿他，柯南還準備讓這個冒牌的小五郎展現名推理指出真正的兇手。

高木警官完全沒有向任何人告知行蹤便獨自出了遠門，在警視廳門前等待高木警官的少年偵探團們遲遲等不來人，這時一個男人交給了他們一個說是高木警官送來的包裹。佐藤警官打開包裹后發現里面放著一個平板電腦，按下電源后看到的竟然是身處于危險之中的高木警官，即便高木警官還保持著冷靜，但體力透支的他還能撐多久？

洋房的主人傳了封群組訊息集合所有的兄弟姐妹，此時大家看到了浮現在窗邊驚悚模樣的主人，一起目擊了飛翔在天空中的怪物，隨后他們還發現了次男的尸體，案件愈發的破朔迷離。這起靈異的命案和之前洋房主人未婚妻的事故有著千絲萬縷的關系，而策劃那起事故的正是兄弟姐妹中的某人。

園子中學時的好友矢內小姐拜托小五郎幫她重新調查姐姐的自殺案件，而她也是這次事件的目擊者之一。被警方認定為自殺案件的這起事件還存在著很多疑點，事發當天正在商量明年創立祭的矢內小姐和顧問児玉老師看到了受害人在模型社里自殺的一幕，第一個趕到現場的是受害人的未婚夫柴垣老師，而柯南在還原現場時看出了端倪。

在警方介入調查奈奈美母親的墜亡事件時，少年偵探團的孩子們卻不見了蹤影，而現代當家的助手長瀨先生也不見了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各樣的機關，在塔內他們還遭到了神秘人物的追趕，當柯南反應過來時身邊的伙伴們都消失不見，獨自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說的話語，暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。