某日，童星絹川和輝來到毛利偵探事務(wù)，委托小五郎根據(jù)他媽媽寄來的明信片找出她的所在，于是，柯南一行四人跑遍熱海的旅店進行詢問，最終找到了有這張明信片的旅店，店里除了三名女店員，還有一位叫下鴨的客人，當晚，小蘭去給下鴨送鏡頭蓋時，卻發(fā)現(xiàn)他被人勒死在浴室中，趕到案發(fā)現(xiàn)場的警察從下鴨當時拍攝的照片中發(fā)現(xiàn)，兇手是一個胸口有痣的女人，絹川得知后很難過，因為他母親的胸口就有一顆痣。

追蹤光彥而來到群馬縣山中的柯南他們，得知一名連續(xù)殺人犯逃入了同一森林中。沿著小河走的光彥與推理中的柯南用偵探徽章呼叫他時，光彥被殺人犯逮著。哀告訴柯南沼淵原來是組織的成員。柯南正要告訴哀光彥來此的目的時，光彥的徽章聲音迫近了。終于在眾人找到光彥的時候驚訝的發(fā)現(xiàn)他和光彥在一起！原來兩人都只是為了來看螢火蟲。

柯南、小蘭、小五郎在吃完法國料理后回家的路上，碰巧看到了在西須三田車站的吵架現(xiàn)場。而之后那個中年男子在爭斗中從站臺掉下下去當場死亡。根據(jù)目擊者以及當事人的證詞警方都認定是意外，但只有柯南注意到了隱藏在意外背后的不自然的地方，而在調(diào)查了犯罪現(xiàn)場后柯南終于揭開了案件的真相。而兇手也承認了因為女朋友遇到車禍而報復(fù)殺人的事實。

爆炸接二連三的發(fā)生，必須要快點抓住歹徒，于是少年偵探隊又仔細看了一遍錄影帶，然而依然沒有任何收獲，柯南不得不重新思考并試圖去揣摩歹徒的心理，這時，他好像突然想到了什么便沖出警局直奔光彥當時拍攝時所站的郵筒，確定了自己的推測后，柯南讓少年偵探隊找到附近其他的郵筒，這起爆炸案到底和郵筒有什么關(guān)系？

電視臺為了舉辦一場東西推理大對決，便邀請小五郎和服部一起來沖繩島。之后大家與電視臺的工作人員事先搭船到發(fā)現(xiàn)不明男尸與詭異文字的無人島，考察完畢準備返回時，卻在海灘上發(fā)現(xiàn)了被不明人士殺害的工作人員之一平良小姐，而在她的身旁還留下了一行讓人不快的字句，就在服部和柯南進行推理時，送他們來的船只和船長也消失了蹤影。