意外的是門把上留下的指紋竟然是諸伏高明警官的部下，為找尋更多線索，大和刻意讓柯南跟著高明警官去曾經(jīng)住在別館里的翠川尚樹(shù)、山吹紹二、百瀨卓人和直木司郎家進(jìn)行詢問(wèn)，高明警官謊稱在門把上檢驗(yàn)出他們的指紋來(lái)觀察他們的反應(yīng)，不所料直木司郎聽(tīng)說(shuō)了這件事之后神色緊張，就在大家以為他是兇手，準(zhǔn)備進(jìn)一步進(jìn)行調(diào)查時(shí)，直木司郎被人殺死，而他家里的其中一面墻壁被涂成了紅色。

大和警官和柯南等人立刻找到剩下的三個(gè)嫌疑人展開(kāi)詢問(wèn)，可是每個(gè)人都有不在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)的證明，與此同時(shí)，只身一人在公館思考赤壁之謎的高明遭到了兇手的襲擊，在失去意識(shí)之前他向大和傳了一條“孔明之死”的訊息，當(dāng)柯南他們趕到公館后這里已是熊熊大火，所幸上原由衣及時(shí)將高明救出，把他送到醫(yī)院的時(shí)候，小蘭對(duì)醫(yī)生們不同顏色的衣服表示好奇，而這個(gè)問(wèn)題正好給了柯南和大和提示，讓他們破解了赤壁之謎！

小五郎受到一個(gè)名叫立李三可的委托，帶著柯南和小蘭一起來(lái)到群馬縣調(diào)查真相，途中他們遇見(jiàn)了德備六朗和荒巖，并從他們口中得知了11年前有一個(gè)名叫辰彥的孩子在旅館附近的河中溺斃而亡的事件，這與信中所提及的殺人案有何聯(lián)系？辰彥父親同時(shí)也是約見(jiàn)地點(diǎn)光羅旅館的老板沼山伴藏也讓人覺(jué)得很怪異，次日清晨，滿身都是刺鼻氣味液體的伴藏死在了旅館的頂樓房間，難道是小蘭昨晚在河邊看到的河童下的毒手嗎？

服部把和葉的護(hù)身符錯(cuò)交給了國(guó)末照明，為了要回裝有服部照片的護(hù)身符，二人到東京。他們找到國(guó)末的朋友并隨他來(lái)到一家運(yùn)動(dòng)咖啡館，不想國(guó)末卻在廁所里被人毆打昏迷不醒。于是，柯南、服部和高木警官一起展開(kāi)調(diào)查，他們把嫌疑人的范圍縮小到三個(gè)人，并推斷國(guó)末白天觀看的比賽和這起事件有密切關(guān)系，可是他看的到底是什么比賽？這三個(gè)嫌疑人的證詞中又隱藏著什么線索？

阿笠博士的金龜車在半路拋錨，導(dǎo)致他和灰原只能在路邊等便車，碰巧這時(shí)來(lái)了一輛前往東京的車子，車主是一對(duì)古怪的情侶，并且灰原還在車內(nèi)發(fā)現(xiàn)了彈孔和血跡，更恐怖的是她聽(tīng)到這對(duì)情侶說(shuō)要找到柯南把他弄個(gè)半死之類的話，驚恐的灰原趁機(jī)打電話向柯南求救，沒(méi)想到一直按照柯南指示的她竟然被這對(duì)情侶抓個(gè)正著，這兩個(gè)人是黑暗組織成員嗎？柯南又是出于什么原因讓灰原和博士乖乖被抓？