紀曉嵐頗為欣賞如玉的才情，于是讓如玉女巧扮男裝，跟隨自己去大內看《四庫全書》的編纂。和珅將紀曉嵐寫下的奏章呈給乾隆，乾隆大悅，讓紀曉嵐在宮中騎馬作為獎勵。和珅散布謠言說紀曉嵐當初扣下顏驥的藏書只為查反書以取說皇上，眾官皆信不已，紀曉嵐有口難辯。顏驥的學生戴沾一直潛心幫紀曉嵐著書，得知此消息，痛斥紀曉嵐道貌岸然，被官府以辱罵朝廷命官為由投進大獄。紀曉嵐見到奏章實為自己筆跡，百思不得其解。小月深夜潛入和府要盜出迷魂煙草，不料中了和珅的圈套，將假煙草拿回了紀府。紀曉嵐檢驗煙草的真偽，不料牙齒被煙草染黑。早朝時，和珅看到紀曉嵐閉口不語很是幸災樂禍，并千方百計的讓紀曉嵐在乾隆面前開口。紀曉嵐將計就計，引經據典，表示“黑齒”之舉只是為了提醒皇上理政之道。乾隆深感紀曉嵐的一番苦心，高興之余獎紀紀曉嵐煙草，紀曉嵐表示愿意用煙草換戴沾免罪。戴沾同意前往紀曉嵐家中繼續編纂《四庫全書》。和珅找到神父，表示要捐資修教堂，神父經受不住誘惑，將紀曉嵐佯裝找到迷魂煙草的真相全盤托了出。如玉與戴沾同在紀曉嵐家中。見到戴沾的正直之舉，如玉很是欽佩。

紀曉嵐堅持讓乾隆追查以抓出幕后主謀，乾隆認為紀曉嵐沒有真憑實據難以信服。趙青斥責乾隆昏庸，乾隆在和珅的挑唆下欲治她的罪，紀曉嵐甘愿替趙青接受懲罰。小月與趙青相互傾訴對紀曉嵐的情意，兩人盡釋前嫌，成為好姐妹。和珅傳旨紀曉嵐被革職。紀曉嵐頗感失意，詢問趙青是否愿意與自己歸隱山野。趙青以江山社稷為重，拒絕了紀曉嵐。兩人借酒澆愁，四目相對，不能自己。紀曉嵐酒醒之后發現趙青已不辭而別，不禁為自己一時沖動而懊悔不已。紀曉嵐帶乾隆來到香積庵，根據了凡寫在墻上的暗語，找到了被藏在佛像之下的財寶。

和珅擔心張了了會牽連自己，便想用乾隆之手殺其滅口。紀曉嵐說出張了了是受人指使的真相，乾隆堅持給張了了定罪，關鍵時刻，小月趕到并拿出乾隆的扳指替張了了求情，乾隆成人之美，讓其與柳哥相聚。父女得以團聚。乾隆責怪和珅、紀曉嵐此行辦事不力，押送兩人坐囚車回京，以示懲罰。途中，二人依然針鋒相對，樂此不疲。瑤琴意識到乾隆身為一國之君，并不能給予自己想要的平靜生活，于是拒絕與乾隆一同回京，表示要與父親歸隱山野，乾隆無限失落。回京后，乾隆罰和珅、紀曉嵐掃地，兩人邊掃邊唇槍舌劍。乾隆暗得意，自知只有正邪共存，兩者相斗，自己才能享受安寧。"

紀曉嵐與和聯手派人護送御醫呂長安安在回京，這對多年來的冤家對頭即使在相互合作時也不忘反唇相譏，彼此嘲謔。 從呂長安之口，眾人才知四姑娘與十四王爺乃是藥方奇案的罪魁禍首，眼前紙包不住火，陰險毒辣的十四王爺決定丟卒保車，要四姑娘刺殺紀曉嵐后再自殺，以消滅罪跡，眼見自己忠心耿耿追隨的人竟如此冷酷無情，四姑娘徹底絕望，將一劑毒藥一飲而盡。 紫禁城內，皇上召見文武百官，和得意洋洋肆意表功，紀曉嵐巧設圈套，使和、福康安挪用貢品的不義之舉和此后協助自己調查藥方密案的合作之功一一道出，搞得二人一驚一乍。 十四王爺應召入宮見駕，藥方奇案終于到了真相大白的時候。

齊蘇圖對大夫洪仁軟硬兼施，得到了一劑可以使人致瘋的藥方。齊蘇圖讓牢頭將藥放到雞湯里。紀曉嵐用散銀試出湯里有毒。為了麻痹對方，紀曉嵐假裝將湯喝下。小月在和珅手下的胡亂指示下，找遍了每個地方卻一無所獲。銀妃懇請乾隆嚴查齊家暴尸一案，乾隆應允。紀曉嵐無意中得知湯里的藥會使人致瘋，于是將計就計，開始裝瘋。小月發現了一直跟梢的劉全，知道其中有鬼。小月要進宮面圣，和珅忙加以阻攔。這時劉全來報，聽說紀曉嵐瘋了，和珅立刻變得有恃無恐起來。得知紀曉嵐失蹤，乾隆決定查個究竟。乾隆設計假裝巧遇和珅和小月，然后提出要調查吏治，誰先進牢誰贏。和珅大鬧集市，誰知官差視而不見。乾隆假裝要殺小月，官差卻見死不救。三人使盡渾身解數，終于同時入了獄，監獄里發現了瘋瘋癲癲的紀曉嵐，乾隆和小月見狀痛心疾首。乾隆怒斥順天府尹玩忽職守，將其革職查辦。紀曉嵐在大殿之上裝瘋賣傻，把和珅和齊蘇圖一頓臭罵，透露了很多隱情。