柯南、小五郎和小蘭一起到神話故鄉(xiāng)出云旅游，并在這里認(rèn)識(shí)了兩情相悅卻無法在一起的江角榮子和福間良介，次日，警察在豬目洞窟發(fā)現(xiàn)了江角的未婚夫鱷淵的尸體，經(jīng)過篩選，具有殺人動(dòng)機(jī)的有四個(gè)人，除去江角、福間還有藤江和石飛，有目擊者說曾見過福間出現(xiàn)在案發(fā)現(xiàn)場，可福間卻對(duì)此沉默不語像是在保護(hù)什么人，而江角也和福間出現(xiàn)相同的情況，為證明二人的清白，柯南能找到什么樣的證據(jù)？

阿笠博士帶少年偵探隊(duì)一起去露營，就在柯南和灰原討論黑暗組織的事時(shí)，原本撿木材的元太等人氣喘吁吁的跑回來說發(fā)現(xiàn)了一個(gè)刻有字的石燈籠，于是柯南等人隨他們來到發(fā)現(xiàn)石燈籠的大宅院，沒想到他們又在這里發(fā)現(xiàn)了一具被人勒死的尸體，這里到底發(fā)生過什么？柯南將石燈籠暗號(hào)破解，居然是關(guān)于寶藏的信息。

與黑衣組織的戰(zhàn)斗告一段落，又回到了平靜的生活。某天，少年偵探隊(duì)獲知同樣就讀帝丹小學(xué)的雨宮翔子突然消失，據(jù)說她和灰原十分相像，莫非黑衣組織的魔爪已經(jīng)深入學(xué)校？為找到翔子，放學(xué)后大家展開了調(diào)查，期間還遇到神色可疑的老師，之后一行人找到了翔子失蹤前來過的便利店，并得知她在這里買了飲料、牛奶和小刀片，就在柯南他們百思不得解時(shí)，由美出現(xiàn)……

柯南，小蘭和園子與本堂瑛祐來到園子的別墅。但路上卻發(fā)現(xiàn)必經(jīng)的吊橋塌了。小蘭等人決定在有人來接他們前先前往附近的別墅休息。屋主槇野純，天堂享，倉本耀治說他們的別墅被詛咒了。這棟別墅最初是一對(duì)富翁兄弟建造的，哥哥說有妖怪從窗外潛入了別墅后便封印了窗戶而次年，哥哥和妻子就相繼去世。之后瑛祐發(fā)現(xiàn)窗子上奇怪的影子，之后眾人發(fā)現(xiàn)了在屋里上吊身亡的倫子！

小五郎一直暗地里跟蹤的人見松一郎，突然在米花飯店墜樓身亡，出現(xiàn)在案發(fā)現(xiàn)場的還有一個(gè)叫南里熏的女人，但她卻十分肯定自己從不認(rèn)識(shí)死者。與此同時(shí)，他的雙胞胎弟弟人見竹彥，也在杯戶鎮(zhèn)的家中被人殺害，并且案發(fā)時(shí)他的妻子加奈子為了調(diào)和兄弟二人的關(guān)系，外出與松一郎會(huì)面。兄弟兩人在同一時(shí)間死在不同的地方，難道這真的是傳說中的心靈相通？