柯南等人急匆匆的跑去米花公園的池塘里看被人丟棄的咬人龜，期間，他們遇見(jiàn)一個(gè)冒牌飼主二本松，雖被識(shí)破但他還是用花言巧語(yǔ)騙過(guò)了光彥等人，可讓他沒(méi)想到的是池塘里居然會(huì)冒出四只咬人龜，不知出于什么目的，他決定全部收養(yǎng)，柯南覺(jué)得二本松的行為很可疑，于是就暗中進(jìn)行調(diào)查，發(fā)現(xiàn)他與一起搶劫案有關(guān)，可他為什么要領(lǐng)養(yǎng)咬人龜？

根據(jù)死者身上殘留的余溫，新一和服部推斷出兇手就在這附近，他們借用偶然碰見(jiàn)的高木警官的權(quán)力封鎖了收費(fèi)站，并且很快將犯人鎖定在三個(gè)人身上，之后，他們又在死者的車窗上發(fā)現(xiàn)了兩個(gè)小孔，這無(wú)疑是揪出兇手的關(guān)鍵性線索，然而，灰原給新一的藥即將失效，新一該如何應(yīng)對(duì)？小蘭一直吞吞吐吐想要告訴他的話又是什么？

兇器是房間工具箱里的錘頭，并且柯南還發(fā)現(xiàn)每個(gè)人的房間都有薰衣草和工具箱，到底是誰(shuí)做出這種安排？又是出于什么目的呢？既然是無(wú)人島，那么兇手一定就是這棟房子中的一人，之后柯南他們又對(duì)供電的小房子進(jìn)行了調(diào)查，然而根據(jù)所找的線索，柯南，服部和白馬探每個(gè)人鎖定的嫌犯都不相同，即便如真相也只有一個(gè)！

柯南、少年偵探團(tuán)、哀、阿笠博士來(lái)到阿笠博士友人所在村莊觀光，在夜晚的溪邊等待放螢火蟲(chóng)時(shí)，村長(zhǎng)的兒子中嶺和助手垂水乘坐運(yùn)送螢火蟲(chóng)的貨車到達(dá)。垂水打開(kāi)貨車上的箱子，螢火蟲(chóng)便成群結(jié)隊(duì)的飛了出來(lái)。元太為了要抓螢火蟲(chóng)，爬上了貨車，隨手拿走了貨車上的手電。在大家陶醉于欣賞螢火蟲(chóng)時(shí)，助手垂水接到一通中嶺打來(lái)的電話，說(shuō)中嶺在烏帽巖，救命。柯南等人到達(dá)時(shí)，發(fā)現(xiàn)中嶺已經(jīng)死在車內(nèi)，地上放著疑似有毒的飲料瓶，車內(nèi)還飛著一只……螢火蟲(chóng)。。。

小蘭和柯南在毛利小五郎的錢(qián)包里，發(fā)現(xiàn)里面有5萬(wàn)日元的項(xiàng)鏈?zhǔn)論?jù)，那好像是要送給十月十日小蘭的媽媽妃英里的生日禮物，小蘭得知這件事以后發(fā)揮驚人的手氣抽到飯店住宿卷，他們一起來(lái)到海兵飯店，享受一頓豪華的晚餐，但是小五郎絲毫沒(méi)有要送出禮物的意思，喝的爛醉后睡著了，于是妃律師一氣之下回到自己的房間，小蘭想在生日結(jié)束前讓小五郎送出禮物，當(dāng)我們進(jìn)入房間時(shí)，發(fā)現(xiàn)了尸體，那是受到跟蹤狂騷擾的國(guó)芬秋穗女士，而且妃律師回到房間時(shí)斌沒(méi)有看到尸體，是在她洗澡后不知道從什么地方冒出來(lái)的，應(yīng)該是兇手移動(dòng)了床的位置并跟尸體藏在床的下面，于是他們和橫溝警官一起對(duì)住在這所飯店的跟秋穗女士有關(guān)系的人詢問(wèn)當(dāng)時(shí)的情況。