園子拉著小蘭和柯南去蛋糕博物館吃半價(jià)蛋糕，在這里每個(gè)師傅都有自己的廚房，參加比賽百戰(zhàn)百勝的前田、蛋糕王子藤野以及糖果魔術(shù)師森本都忙著為客人準(zhǔn)備甜點(diǎn)，期間，柯南還在藤野那里嘗試了做木頭蛋糕，就在藤野修飾好蛋糕拿給柯南吃的時(shí)候，店里卻發(fā)生了兇案，死者是蛋糕店長(zhǎng)橋垣，而嫌疑最大的就是這三個(gè)蛋糕師傅，但警方卻苦于找不到兇器，隨后柯南對(duì)每個(gè)人的廚房進(jìn)行調(diào)查卻發(fā)現(xiàn)……

當(dāng)阿笠博士滿懷期待得走向那位女性時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)這個(gè)人竟然是男扮女裝而且還是自己的舊識(shí)，再次認(rèn)錯(cuò)人不禁讓這群孩子們大失所望，于是大家決定利用動(dòng)物園的廣播站尋人，可依舊沒(méi)有回應(yīng)，難道博士又要與自己的初戀情人擦肩而過(guò)？這時(shí)，博士的回憶隱約浮現(xiàn)，柯南根據(jù)博士的說(shuō)辭，破解暗號(hào)，來(lái)到了相約之地……

沒(méi)過(guò)一會(huì)兒，柯南就收到了園子被人搶走的手機(jī)傳來(lái)的簡(jiǎn)訊，雖然還不知道傳簡(jiǎn)訊人的意圖，但柯南卻察覺(jué)到事有蹊蹺，他立刻打電話給小蘭讓她注意安全。與此同時(shí)，他還解開(kāi)了博士留下的暗號(hào)，根據(jù)這個(gè)暗號(hào)的設(shè)計(jì)原理，他突然想起了死者見(jiàn)山所留下來(lái)數(shù)字的含義，然而，此刻遠(yuǎn)離柯南的園子和小蘭就在兇手的車子上……

按照慣例，家里如果有人死去就要演奏安魂曲，于是，羽賀開(kāi)始了他的演奏，就在大家沉浸于琴聲之中時(shí)，蓮希的奶奶突然從樓上墜落，警方在案發(fā)的房間里發(fā)現(xiàn)了被摔壞的仿品斯托拉地巴力毆斯以及窗邊的椅子，于是認(rèn)為，蓮希奶奶很有可能是自殺，但是一夜之間發(fā)生兩起命案，并且死者都是在密室中死亡，難道是小提琴的詛咒再次應(yīng)驗(yàn)？

13年前，發(fā)生過(guò)的國(guó)友淳大的沉船海難事件和公館全體工作人員的家屬死亡事件漸漸的浮上水面。柯南認(rèn)為有恐高癥的波花不會(huì)接近關(guān)口被殺的3層的陽(yáng)臺(tái)，所以很難行兇。同樣茂子，綿引，赤冢也有奇怪的習(xí)慣和病癥，都不太可能是殺害關(guān)口的犯人。而在藥瓶上檢測(cè)出來(lái)的未知的指紋更使兇手的身份疑團(tuán)加深，但是在柯南的推理下最終確定了兇手的身份。