一個男子走路的時候差點被意外墜落的鋼筋砸到，雖然撿回了一命但也因此而昏迷，所幸他被少年偵探團(tuán)發(fā)現(xiàn)，為確認(rèn)身份，大家打開了他隨身攜帶的包，卻發(fā)現(xiàn)里面有繩子、手套和遺書，難道他準(zhǔn)備自殺？這時，這個叫真中的男子醒了過來，可他卻失去了記憶，光彥認(rèn)為他一定是遇到困難所以才想不開，便決定幫助他，但隨著調(diào)查的深入，柯南卻發(fā)現(xiàn)了一個陰謀……

柯南他們在一家新開的飯店吃飯時，碰巧遇到了參加聯(lián)誼的高木和佐藤警官，然而，在聯(lián)誼進(jìn)行的同時，參加者江本彩的五歲表弟浩太被人綁架，根據(jù)彩和她弟弟將史的說法，警察將目標(biāo)鎖定在將史的三個朋友之中，可是，經(jīng)過一一調(diào)查卻并沒有發(fā)現(xiàn)有何異樣，難道犯人不在他們之中？

小五郎，柯南，小蘭出席完婚禮后，在走廊碰見新郎打扮的高木刑警和新娘打扮的由美。其實，兩人是被強盜當(dāng)作目標(biāo)的新娘和新郎的替身。據(jù)說半年前，強盜潛入新娘的娘家，被新郎趕走的強盜在逃跑時留下了絕對不能忘記這份仇恨的恐嚇。從被留下的菜刀驗出的指紋與連奪6條人命的連續(xù)盜竊殺人案罪犯的指紋相吻合，而在前天充滿恐嚇意思的威脅信被人放入了新娘家的信箱里。

13年前，發(fā)生過的國友淳大的沉船海難事件和公館全體工作人員的家屬死亡事件漸漸的浮上水面。柯南認(rèn)為有恐高癥的波花不會接近關(guān)口被殺的3層的陽臺，所以很難行兇。同樣茂子，綿引，赤冢也有奇怪的習(xí)慣和病癥，都不太可能是殺害關(guān)口的犯人。而在藥瓶上檢測出來的未知的指紋更使兇手的身份疑團(tuán)加深，但是在柯南的推理下最終確定了兇手的身份。

某個炎熱的夏日，博士帶少年偵探隊來到山里采集昆蟲，期間，博士出了一道暗號讓他們進(jìn)行尋寶，內(nèi)容是“丸蟲、家、帳篷”沒想到這個暗號居然難住了柯南。另一方面，在海灘度假的小蘭，打電話給柯南說她們那里發(fā)生了命案，死者是與小蘭住一家旅館的見山，之后，她和園子還遭到了攻擊，而唯一的線索就只有死者留下的一串字母。