園子的大伯次郎吉因為怪盜基德曾經(jīng)搶了他大出風頭的機會，而一直耿耿于懷，便不惜人力物力發(fā)誓抓住基德，他以“藍色奇跡”為誘餌高調(diào)的在報紙上向基德下戰(zhàn)書，不想基德居然回應(yīng)了他的挑戰(zhàn)，并說自己會走著去盜取“藍色奇跡”，在正式盜取之前，基德先前往博物館查看地形，面對層層包圍的警察和直升機，他就這樣突然懸浮在空中出現(xiàn)在眾人面前，不但如此，他還在沒有任何設(shè)備的狀況下，泰然自若的在空中漫步。

此次幽靈恐慌的第二天，柯南他們下榻的民宅的主人—永倉先生被人襲擊了。永倉先生雖然沒有生命危險，但是犯人是誰卻不得而知。警察以重要參照人為理由帶走了從在進行地球遺產(chǎn)登陸委員會那里派來的缺德調(diào)查官川治，但柯南卻發(fā)覺這其中不自然的地方，最終少年偵探團的各位找到了真正的犯人并將找出了幽靈少女的真相。

柯南在新出醫(yī)院遇到的老先生說了一段讓人匪夷所思的鬼怪理論，為了探求真相，柯南等人來到了這棟有鬼出沒的公寓，在其旁邊還有一棟因人自殺而停工的公寓，正前方的公園也曾現(xiàn)過一具女性的焦尸，這些傳聞聽著就叫人毛骨悚然。當晚，大家在老先生的房中等鬼出現(xiàn)時，卻不知不覺都睡著了，恍惚中，電視自己打開并出現(xiàn)了恐怖畫面，而馬桶的水也突然變成紅色，窗外還出現(xiàn)了鬼影，難道這棟公寓真的有鬼？如果這一切都是人為，那么他又有什么目的呢？？

古裝劇小說家月形龍?zhí)傻牡茏泳蜜嘈垡唤g死的尸體在公園被發(fā)現(xiàn)。以前接受過月形的取材采訪的毛利小五郎懷疑跟久坂爭奪弟子之位的猿橋勝。但是很快猿橋的不在場證明就得以證實。在柯南拼命思考的時候，月形的著作上“逆轉(zhuǎn)接著逆轉(zhuǎn)”的文字跳入眼簾。這時終于注意到不在場證明的柯南將有關(guān)者聚集起來解明真相。

藤枝干雄收到暗殺的威脅，為了阻止暗殺找來了小五郎，而委托的酬勞竟然是1千萬日元！但在事件解決之前小五郎居然用掉了五百萬日元，之后因為無力阻止暗殺，最終分居中的妻子妃英理代替他去了委托人那里。而同時到達那里的還有柯南的母親工藤有希子！而此時通過監(jiān)視器眾人發(fā)現(xiàn)獨自在房間里的藤枝竟然倒地不起！沖過去之后發(fā)現(xiàn)藤枝干雄已經(jīng)死亡。