死羅神和服部一唱一和，兩人一起揭穿了假新一的身份并且還將當(dāng)年村長(zhǎng)及其妻子遇害一案再次向大家說(shuō)明，而這個(gè)死羅神自然也就是工藤新一本人。案件結(jié)束后，新一的身體再次發(fā)生變化，幸虧灰原的及時(shí)趕到，新一才保住了秘密不被發(fā)現(xiàn)，在驅(qū)車(chē)回家的途中，一輛車(chē)很危險(xiǎn)的在馬路上行駛，當(dāng)大家努力將其攔下后卻發(fā)現(xiàn)開(kāi)車(chē)的人已被人勒死。

在FBI制定作戰(zhàn)計(jì)劃的同時(shí)黑暗組織就已經(jīng)展開(kāi)了行動(dòng)，他們以南田陸道的名義寄給FBI一盆花，就在柯南推測(cè)敵人的意圖時(shí)，杯戶中央醫(yī)院突然涌來(lái)大波病患，這無(wú)疑也是黑暗組織的安排，在處理完花盆里埋的炸彈后，醫(yī)院陸續(xù)出現(xiàn)送貨員，而這些貨物全部都是黑暗組織送的炸彈，如果醫(yī)院爆炸，后果不堪設(shè)想，柯南和赤井秀一又會(huì)采取什么行動(dòng)？

小五郎受浦生良造的委托幫忙找能夠證明他清白的目擊證人，本以為小事一樁，沒(méi)想到出乎意料的困難。幾日之后，浦生良造的遺體被人發(fā)現(xiàn)，因?yàn)槲迥昵八羞^(guò)含冤被抓的經(jīng)歷，因此不愿再次承受這樣痛苦的他選擇了自殺，然而，小五郎認(rèn)為這是一起他殺事件，于是他聯(lián)手老友竹岡一起調(diào)查。之后，他們找到了死者的外甥京介并將他鎖定為嫌疑人，可是次日京介就死在了家里，與此同時(shí)也找到了他的不在場(chǎng)證明，小五郎認(rèn)為這都是自己所造成的結(jié)果，于是決定摘掉事務(wù)所的招牌。

簡(jiǎn)單問(wèn)過(guò)案情之后，小五郎隨警方來(lái)到案發(fā)的二樓進(jìn)行查看，根據(jù)死者頭部的槍傷，推斷出兇手的身高應(yīng)該在在180cm左右，雖然船本先生有嫌疑但卻低于死者，種種推斷都否決了船本殺人的可能，然而，柯南卻在他輪椅上發(fā)現(xiàn)了蔥，沒(méi)錯(cuò)，兇手就是他，可是他到底是如何犯案？消失的珍珠項(xiàng)鏈又被如何處理了？

柯南回家后小蘭就告訴他，自從放寒假瑛祐就失去了聯(lián)系，而在此之前小蘭從他那里聽(tīng)說(shuō)，他好像在杯戶中央醫(yī)院找姐姐的時(shí)候發(fā)現(xiàn)了關(guān)于自己父親線索，柯南急忙找到茱蒂老師商量對(duì)策，并推斷出他的父親就是被黑暗組織殺掉的CIA諜報(bào)人員，隨后，柯南一行人趕到醫(yī)院向護(hù)士詢(xún)問(wèn)英祐的事情，沒(méi)想到竟然還有另一個(gè)人像英祐一樣在這家醫(yī)院打聽(tīng)水無(wú)憐奈的事情。