宇佐美過(guò)去曾殺害過(guò)被害者的孩子。而喝醉酒的宇佐美對(duì)事件記憶不清，這樣為案件辯護(hù)的英理看來(lái)沒(méi)有勝望。小五郎雖是想證明宇佐美的不在場(chǎng)證明，卻作為檢察官方面的證人出庭。對(duì)疑點(diǎn)懷有疑問(wèn)的柯南讓小五郎作為辯護(hù)方證人再次出庭，進(jìn)行了新的推理最終指出了犯人的真實(shí)身份。美真治的嫌疑終被洗清。

阿笠博士帶柯南和少年偵探團(tuán)去伊豆的海水浴場(chǎng)游玩，無(wú)意中聽(tīng)到了當(dāng)?shù)氐臐O夫下條和吉澤與新加入的漁夫荒卷的爭(zhēng)吵，雙方還約定晚上8點(diǎn)餐廳里見(jiàn)。但荒卷卻遲遲沒(méi)有出現(xiàn)最后被發(fā)現(xiàn)死在了沙灘上。在現(xiàn)場(chǎng)調(diào)查之時(shí)柯南發(fā)現(xiàn)船上留下的紐扣的疑點(diǎn)，而死者滿是劃痕的手機(jī)使柯南發(fā)現(xiàn)了犯人的真實(shí)名目，但是犯人的殺人動(dòng)機(jī)又是什么呢？

小蘭的母親妃英理為一起殺人事件的被告作辯護(hù)。擔(dān)當(dāng)公訴人的女士是把英理視為對(duì)手的九條玲子。宇佐美堅(jiān)持殺人事件發(fā)生時(shí)什么都不記得了。英理等人到宇佐美前妻經(jīng)營(yíng)的酒店去調(diào)查。小五郎說(shuō)事件發(fā)生時(shí)宇佐美也在店里，但英里以醉酒為理由對(duì)此抱有懷疑的態(tài)度。而在柯南的分析下英里發(fā)現(xiàn)40分鐘的空白時(shí)間。最終小五郎是否會(huì)出庭作證呢？

某日，一個(gè)叫上田丈二的醫(yī)師找到小五郎，拜托他調(diào)查自己的朋友吉村遭到不明人士恐嚇的事情，當(dāng)他們來(lái)到吉村所在的公寓剛準(zhǔn)備上樓時(shí)，突然聽(tīng)到有東西墜落的聲音，柯南急忙跑去，卻發(fā)現(xiàn)吉村的尸體，目暮警官趕來(lái)之后，對(duì)吉村的公寓進(jìn)行了仔細(xì)的調(diào)查，而柯南卻將注意轉(zhuǎn)移到了住在六樓的上田身上。

柯南等人循著灰原留下的記號(hào)一路尋找，因?yàn)閮词志驮谕械娜C人之中，灰原和光彥就在大樹(shù)下面留下一些散落的蘑菇作為暗號(hào)，躲在叢林里期望柯南能有所行動(dòng)制服兇手。柯南果然不負(fù)眾望，破解了灰原留下的暗號(hào)，正準(zhǔn)備麻醉兇手時(shí)，卻又有所猶豫，并大聲喊出了灰原和光彥，柯南到底有何用意？