柯南、步美等人從博士家里找到了一封四十年前來自博士初戀情人的信，信上除了說每十年在回憶的地點見面之外，還留下了一串像是暗示地點的數字，而今天剛好是四十年后的相約之日。經過推理，他們一行人來到動物園，將信上的數字與動物入園的順序相結合，他們找到了飛鼠館，而正巧在他們的面前站著一位女性，她會是阿笠博士的初戀嗎？

去趕海的柯南和小哀，阿笠博士和少年偵探團的各位，在那兒結識了悶悶不樂的大學生牛込嗣夫。后來，牛込迂的社團成員三瀨隆、八島光枝、久津梢子買東西回來。路上4人的神情十分奇怪、一吃完午飯便回去了。之后，柯南留意到牛込忘了拿耙子，當元太等人吧耙子送去給牛込趕到停車場時時卻發現了牛込已經死在車內！

搞笑藝人廣松晨跑的時候發現了一具尸體，驚慌失措的他便匆忙報警，不想他這個第一發現者卻成了最大的嫌疑犯，因為尸體擺出的剪刀手正好與廣松的藝名一樣，高木警官了解案情之后，認為自己的朋友絕對不會殺人。另一方面，柯南從死者的朋友那里得知了一些關鍵信息，于是在他的引導下，一心想要幫朋友洗清冤屈的高木警官推理出了這個讓人心酸的真相。

小五郎因為受國友家的執事赤冢的委托，幫助他們解開惡靈的詛咒而來到國友家的公館。隨后，柯南他們面對的是公館收到的謎樣的卡片和在4號多次發生的奇怪事件。主人國友淳大再次請求他們在公館內重復調查。晚飯后，呆在2層房間的柯南他們，卻發現了在3樓的陽臺上吊著的安全公司經理關口先生的尸體。

柯南、步美等人在阿笠博士的帶領下，來到假面超人的拍攝現場，不巧正好碰上攝制組休息，在這期間不時能聽到陣陣的爭吵聲，劇組工作人員深町堅決反對特效演員力石表演危險動作，可是力石卻倔強的想要證實自己的實力，結果在表演中發生了意外，他的車子沖破柵欄從樓頂摔了下來，力石當場死亡，當所有人都為這場意外感到惋惜時，柯南卻看出了這是巧妙布局的殺人事件。