電視臺為了舉辦一場東西推理大對決，便邀請小五郎和服部一起來沖繩島。之后大家與電視臺的工作人員事先搭船到發(fā)現(xiàn)不明男尸與詭異文字的無人島，考察完畢準備返回時，卻在海灘上發(fā)現(xiàn)了被不明人士殺害的工作人員之一平良小姐，而在她的身旁還留下了一行讓人不快的字句，就在服部和柯南進行推理時，送他們來的船只和船長也消失了蹤影。

少年偵探隊這次在阿笠博士的帶領(lǐng)下欣賞精神隊的游行隊伍，沒想到巧遇便衣執(zhí)行任務(wù)的佐藤警官，因為警政廳收到一封反精神隊球迷的警告?zhèn)髡妫A言這場游行將有意外發(fā)生，所以警局才會派警員混進游行隊伍進行調(diào)查，首先出事的是高木警官的車，之后，大家一起查看光彥在炸彈附近拍攝的影像，就在這時，又發(fā)生了一起爆炸事件。

小五郎受邀帶著柯南與小蘭造訪知名畫家早河靜山的別墅。他的地址黑木次郎拜托小五郎激勵自殺未遂的靜山。次日，小五郎等留下靜山和黑木去海邊釣魚，而傭人山本典子聯(lián)系他們說靜山留下手書失蹤了。很快，在竹林中發(fā)現(xiàn)了靜山的遺體。發(fā)覺自殺有可疑之處的柯南剖析事件真相發(fā)現(xiàn)他殺的證據(jù)和犯人的真實身份！

在警方調(diào)查的過程中，他們還在下鴨的房間發(fā)現(xiàn)了一盤由絹川和輝主演的錄影帶，本來想看看其中有什么線索，不想小五郎和橫溝警官還很入戲的看完了，但柯南卻注意到了被他們所忽略的細節(jié)，這時，有鑒識人員說兇手在勒死下鴨之前曾用蓬蓮頭敲打他的頭部，柯南根據(jù)這些判斷出兇手是誰以及她所使用的兇器，之后，他又使用老方法將小五郎麻醉，在指示了橫溝警官做好相應(yīng)準備后，一場精彩的推理就要開始了！

帝丹高中最近發(fā)生了不可思議的靈異事件，小蘭本想拜托小五郎調(diào)查卻被拒絕，所以由柯南出馬破解校園靈異事件之謎。期間，小蘭他們還遇到新出醫(yī)生，于是一行人在園子的帶領(lǐng)下首先來到了體育館，這里曾莫名的出現(xiàn)了兩年前就已死去的保坂的書桌，接著又來到了詭異的圖書館和導致保坂死去的樓梯，經(jīng)過一圈查看，柯南已大致明白，就在這時，操場中間突然出現(xiàn)了保坂的書桌……