備受期待的黑色玫瑰演唱會即將開始，因為門票而卷入麻煩的園子又遇到了錯怪她的古奈遙小姐，而古奈遙被偷走的門票竟然以事發(fā)咖啡廳的名義高價拍賣。還沒有出勤的雅子自然成為了被懷疑的對象，但當他們前去詢問時才發(fā)現(xiàn)雅子小姐已被人殺害，看似是偷竊殺人的現(xiàn)場卻讓柯南感覺到了強烈的違和感。

撿到地圖上的四個記號讓光彥等人認為將會有案件發(fā)生，少年偵探團再次出動逐戶去敲門提醒，而這四戶中的香月先生卻意外身亡。調(diào)查回來的柯南遇到了發(fā)現(xiàn)香月先生的小狗酷兒，趁光彥等人不注意而被偷走的地圖正是酷兒的主人八木澤先生為了遛狗理由而畫下的，偷走這樣地圖的無疑就是這次事故的兇手，而關(guān)鍵詞則是香煙。

正在進行的推理游戲卻變成了真正的殺人事件，在列車到達名古屋前柯南他們要在乘客中揪出真正的兇手來，在他們四處尋找線索的時候灰原卻忍受著內(nèi)心的煎熬。內(nèi)心忐忑不安的灰原正在受到組織的威脅，組織的黑影已經(jīng)更近一步接近灰原，她絕對不能以這種摸樣被人殺害。

紅色噴漆事件是近期發(fā)生的惡性連續(xù)破壞車輛案，沒想到千葉警官的車子也遭到毒手，接到報警電話和由美警官一起趕來的女警新人竟然就是千葉警官的初戀情人淼子，知道這些的柯南等人順水推舟讓千葉和淼子一起調(diào)查此案，想要借此機會讓遲鈍的千葉回想起來，而在兩人調(diào)查的地下停車場內(nèi)卻發(fā)生了追撞事故，而這次事故似乎與紅色噴漆事件有著關(guān)系。

社長夫人就好像是在簽名的時候被默默溜進來的幽靈毒害了一樣，就像是寄給服部奇怪信件的人類擅自虛構(gòu)出來的不正常的存在所下的毒手。門把和拖鞋上所撒的毒粉只是掩人耳目的手段，而饑餓的玉郎也是因為賈斯特羅錯覺選擇了有毒的蛋糕，和高木警官的對話后柯南和服部已經(jīng)知道了兇手的辦案手法，但他們現(xiàn)在依然缺少決定性的證據(jù)。