正影的三弟子之一姬宮遇害后，警方匆忙趕來(lái)調(diào)查并對(duì)屋內(nèi)所有人一一進(jìn)行偵訊，正影的妻子滿(mǎn)里太太說(shuō)，被翻亂的資料室內(nèi)有記載正影自創(chuàng)魔術(shù)的筆記本，而且在五年前曾有一個(gè)戴著帽子和墨鏡的男人找過(guò)正影，于是，大家正影的房間希望能從他的相冊(cè)中找到這個(gè)可疑男人，柯南和服部也在這里有了新發(fā)現(xiàn)，就在這時(shí)，和葉和小蘭回想起了看到尸體時(shí)的怪異場(chǎng)景。

柯南和小蘭跟著小五郎一起來(lái)到鹿兒島，隨后三人就立即就去拜訪(fǎng)一個(gè)叫高隈的制酒廠(chǎng)，酒廠(chǎng)老板娘白石扶美子帶著這三人四處參觀的時(shí)候，卻不幸發(fā)生了意外，大家在董事辰村慎介的家中發(fā)現(xiàn)地上留有一灘血，而他本人也知了去向，經(jīng)過(guò)兩天的尋找辰村的尸體在公園里被人發(fā)現(xiàn)，而酒廠(chǎng)的所有人都成了此次案件的嫌疑人。

在趕來(lái)支援的FBI的幫助下，柯南他們將獨(dú)自駕駛摩托的水無(wú)包圍，然而，馬路上卻出現(xiàn)了一個(gè)撿球的小男孩，為不傷害小孩，水無(wú)出車(chē)禍?zhǔn)軅?。另一邊，今恩在水無(wú)換下的衣物里發(fā)現(xiàn)了粘在鞋底的發(fā)信器和竊聽(tīng)器，便臨時(shí)決定變更目標(biāo)向米花鎮(zhèn)駛?cè)?，柯南察覺(jué)到他們的行動(dòng)，意識(shí)到小五郎性命堪憂(yōu)，也匆匆趕往米花鎮(zhèn)，而此時(shí)黑衣組織已經(jīng)瞄準(zhǔn)了小五郎……

13年前，發(fā)生過(guò)的國(guó)友淳大的沉船海難事件和公館全體工作人員的家屬死亡事件漸漸的浮上水面。柯南認(rèn)為有恐高癥的波花不會(huì)接近關(guān)口被殺的3層的陽(yáng)臺(tái)，所以很難行兇。同樣茂子，綿引，赤冢也有奇怪的習(xí)慣和病癥，都不太可能是殺害關(guān)口的犯人。而在藥瓶上檢測(cè)出來(lái)的未知的指紋更使兇手的身份疑團(tuán)加深，但是在柯南的推理下最終確定了兇手的身份。

大家找到校長(zhǎng)詢(xún)問(wèn)他下雨的時(shí)候是否出現(xiàn)在操場(chǎng)，沒(méi)想到卻得到了否定的回答，為了證實(shí)校長(zhǎng)的說(shuō)法，柯南又來(lái)找了在保健室休息的世古國(guó)繁，因?yàn)樗c保坂從小一起長(zhǎng)大，所以又了解了更多關(guān)于保坂的事情，這時(shí)，小蘭在走廊的木板上發(fā)現(xiàn)污漬，柯南將這些污漬與操場(chǎng)上出現(xiàn)的刮痕相聯(lián)系，沒(méi)錯(cuò)，制造靈異事件的就是那個(gè)人!