少年偵探團(tuán)的理科自由研究作業(yè)是拍攝鎮(zhèn)子的全景照片，為此阿笠博士帶他們來到云丸山露營，在山中小屋他們遇到了正在爭吵的四人，而三年前意外去世的元木是他們爭吵的焦點(diǎn)。爭吵過后岳美負(fù)氣離開睡在了懸崖底下，半夜的時候榮子等人為三年前因意外去世的元木默哀，正好醒來的柯南見證了這一幕，但在第二天元太卻發(fā)現(xiàn)山下的岳美小姐倒在了血泊中。

柯南所在的班里來了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫線，卻發(fā)現(xiàn)石灰已經(jīng)用完了。柯南告訴若狹老師舊倉庫里可能有石灰，元太和光彥開玩笑說舊倉庫有幽靈出沒，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團(tuán)一同前往舊倉庫。在尋找石灰的過程中，柯南發(fā)現(xiàn)一扇通往地下的門，眾人合力打開門后，卻驚人地發(fā)現(xiàn)了一具骸骨……

這天，鐵頭、姜小牙和米小圈一起上學(xué)，當(dāng)時三個人優(yōu)哉游哉嘴里還啃著母親早上做的早餐，當(dāng)時米小圈還抱著一個大熱狗，正吃得津津有味，忽然一輛大卡車直接沖著他們?nèi)齻€人過來，當(dāng)時鐵頭和姜小牙嚇得哇哇大叫，米小圈離卡車最近，幾秒鐘的功夫，兩只眼睛一抹黑，直接栽倒在地上。等米小圈緩緩睜開眼睛，發(fā)現(xiàn)自己與死亡擦肩而過，卡車翻倒在他旁邊，恰好留下一個空隙，這個空隙中就有米小圈，真是萬幸中的萬幸啊，米小圈從驚懼中爬起身，不遠(yuǎn)處，鐵頭抱著姜小牙也跌倒在地，姜小牙在地上坐起，發(fā)現(xiàn)自己在鐵頭的懷抱中毫發(fā)無損，頓時感激涕零，視鐵頭如再生父母，米小圈當(dāng)場就語塞，平日里與鐵頭形影不離，關(guān)鍵時刻鐵頭卻選擇了保護(hù)姜小牙。當(dāng)天，學(xué)校便因為鐵頭英勇救人的事情引起軒然大波，作為學(xué)校有名的通訊小記者何詩雨特意來到米小圈班級采訪調(diào)查，李黎艷羨地看著何詩雨，這個全校文明的小記者，不僅有傲嬌的外貌，并且頭腦及其靈活，每次寫出的采訪稿都能夠轟動全校，果真何詩雨采訪了米小圈班級同學(xué)，只撿對鐵頭有利的說，用生動形象的語言把鐵頭塑造成一個妥妥的小英雄。米小圈開始和鐵頭疏遠(yuǎn)，鐵頭成了名人，卻一臉不開心，好像總是一副畏首畏尾的模樣，放學(xué)了，鐵頭拉

外出露營的少年偵探團(tuán)為了避雨來到了一棟別墅，別墅內(nèi)的男傭人告訴大家最近房間內(nèi)有幽靈出現(xiàn)。在交談中，柯南等人得知別墅的女主人不久前剛剛?cè)ナ溃兄魅藙t認(rèn)為幽靈是女主人回到了家中。關(guān)于出現(xiàn)幽靈一事，女傭人似乎顯得十分不適，而男主人的侄子似乎行跡也有些奇怪。柯南察覺到幽靈之事必有蹊蹺，決心與少年偵探團(tuán)一同查明真相。

警方分別對三位女當(dāng)事人進(jìn)行了詢問，并檢查了她們隨身攜帶的物品，而案發(fā)現(xiàn)場所發(fā)現(xiàn)的白色涼鞋成為了本案最大的疑點(diǎn)。在諸多線索的指引下，柯南和世良很快便推理出兇手的身份，但卻未能明白兇手的作案手段。最終在園子不經(jīng)意的提示下，柯南順利地將案發(fā)過程演繹給眾人，成功找出真兇。而兇手與死者之間，竟有這樣一段不為人知的往事……