小五郎帶著小蘭和柯南一起去美容院接妃英理吃飯的途中聽到了奇怪的聲音，停車后，他們發(fā)現(xiàn)格斗家永作司朗的尸體躺在垃圾堆中，警方立刻趕來調(diào)查，他們發(fā)現(xiàn)死者的脖頸部位有許多細(xì)小的毛發(fā),由此推斷永作司朗死亡之前可能在剪頭發(fā)，這時(shí)，給妃英理做頭發(fā)的美容家葉坂皆代說自己曾和死者是戀人，于是一行人又到她的美容院查看，雖然她有殺人的動(dòng)機(jī)和嫌疑但與此同時(shí)她也有不在場(chǎng)的證明。

在尸體旁邊的筆記本上死者留下了一個(gè)晦澀的死亡訊息，不論怎么想也理不出頭緒，之后，山村警官也趕來介入調(diào)查，他們將目標(biāo)鎖定在山下旅館投宿的三位客人當(dāng)中，就在這時(shí)，柯南像是想到了什么，他獨(dú)自一人返回山里并在一棵樹下挖出了白骨，于是他就在這里等待兇手自投羅網(wǎng)，然而，讓他沒想到的是對(duì)方居然帶領(lǐng)了一大波人……

從其他人的談話中，柯南得知在這起爆炸事件發(fā)生之前，曾經(jīng)也有油桶被打翻的情況，并且周藤豪貴死前所穿的衣服是未婚妻銀林惠奈所送的羊毛衫，根據(jù)這些線索再加上灰原無意的提示，柯南將兇手鎖定，他以警方要錄口訊為由將不知情的兇手帶走，并在車庫(kù)中重現(xiàn)犯案時(shí)所用的手法讓她自己露出了馬腳。

根據(jù)死者身上殘留的余溫，新一和服部推斷出兇手就在這附近，他們借用偶然碰見的高木警官的權(quán)力封鎖了收費(fèi)站，并且很快將犯人鎖定在三個(gè)人身上，之后，他們又在死者的車窗上發(fā)現(xiàn)了兩個(gè)小孔，這無疑是揪出兇手的關(guān)鍵性線索，然而，灰原給新一的藥即將失效，新一該如何應(yīng)對(duì)？小蘭一直吞吞吐吐想要告訴他的話又是什么？

和葉的風(fēng)車給了服部提示，同時(shí)柯南也知道了房屋血跡和尸體消失的手法，在否定小五郎異想天開的推測(cè)后，服部說出了真相并且指出在背后操作的人正是住持傳久的師父，然而他這么做的目的到底是什么？了結(jié)了升岳寺案件后，小五郎連夜驅(qū)車返回住處，次日，服部要去參加日賣電視臺(tái)在一座無人島舉辦的高中生推理大賽，柯南也隨他一同前往，沒想竟然在這里遇見了白馬探！