某天，小說家任太朗的女兒香保里來到小五郎的事務(wù)所，拜托他找兩個(gè)月前留下紙條就突然失蹤的父母，可奇怪的是任太朗每個(gè)星期連載的小說卻會(huì)按時(shí)傳真到出版社，于是，柯南一行人趕到出版社，看到任太朗的原稿后，大家找到了幾點(diǎn)難以理解的部分，然而這些就是拯救任太朗的主要線索，柯南從小說中讀出了任太朗留下的消息，但歹徒的目的到底是什么？

大樓下面已經(jīng)被記者圍堵，目暮警官讓小五郎暫時(shí)引開記者的注意，自己好帶土方幸三郎和沖田離開，就在小五郎對(duì)記者透漏兇手是沖田時(shí)，柯南將他麻醉重新進(jìn)行了推理，并指出兇手另有其人，而這個(gè)人就是正在警方掩護(hù)下準(zhǔn)備離開的……柯南當(dāng)著所有媒體的面揭穿了兇手并用找到的有力證據(jù)讓他認(rèn)罪。

發(fā)生了這種不幸的事，小五郎帶著柯南、小蘭來到小惠家看望她，期間，柯南借上廁所之名跑到二樓的書房進(jìn)行調(diào)查，他發(fā)現(xiàn)在電話線和墻壁連接的地方有膠帶的痕跡，之后又跑去案發(fā)時(shí)的車庫(kù)，看到車庫(kù)的上方的窗子，更加確定了自己的推測(cè)——這起汽車爆炸事件另有隱情，數(shù)日后，小五郎再次來到小惠家，然而此次前來的目的卻是……

少年偵探隊(duì)為準(zhǔn)備兒童大會(huì)要表演的布偶戲，隨一個(gè)叫海部大學(xué)生去霧之丘高原進(jìn)行特訓(xùn)，可是當(dāng)晚柯南發(fā)現(xiàn)同他們一起來的小朋友和相應(yīng)的布偶都不見了，就在柯南和光彥去二樓進(jìn)行調(diào)查的時(shí)候，元太和步美也突然失去了蹤影，因?yàn)殡娫捑€被不明人士割斷，兩人跑到離這里最近的另一家民宿，卻看到……

步美生病一人在家休息，就連有電話打進(jìn)來她也因熟睡也沒有接聽，但過了一會(huì)兒，步美聽到有人撬門的聲音，不禁想起了前些日子歹徒入室殺人的事情，可她還沒來得及報(bào)警，歹徒就破門而入了，她慌忙躲在床下，用少年偵探的徽章聯(lián)系柯南，因?yàn)椴荒苷f話她就用假面超人鬧鐘聲音代替自己傳達(dá)求救訊息，可元太光彥確認(rèn)為步美在惡作劇，柯南會(huì)棄之不理還是解開暗號(hào)呢？步美又會(huì)展開怎樣的自救？