作為青色古堡的探險(xiǎn)事件的參考人，阿笠博士和少年偵探團(tuán)的各位被叫到了警視廳。隨后2億元搶劫事件的受害人東都銀行的增尾行長(zhǎng)也來(lái)了。增尾在給家里的妻子打電話時(shí)，電話的那頭傳來(lái)了慘叫聲。當(dāng)警方趕到增尾家時(shí)發(fā)現(xiàn)妻子加代已被人刺死！雖然看起來(lái)是外部的入室殺人，但在柯南的推理下最終發(fā)現(xiàn)了兇手殺人的事實(shí)。

前往洋子演唱會(huì)的途中，小五郎弄丟了門(mén)票，這時(shí)，碰巧遇到了一個(gè)叫青島全代的小姐，她表示如果能接她妹妹聽(tīng)演唱會(huì)，就愿意把多余的門(mén)票讓給小五郎。當(dāng)大伙兒到全代的家時(shí)發(fā)現(xiàn)她的妹妹美菜在一個(gè)密閉的浴室中狀似自殺死亡多時(shí)，這個(gè)浴室的門(mén)窗縫隙全部從內(nèi)部用膠帶貼住，經(jīng)過(guò)鑒識(shí)膠帶上只有美菜一個(gè)人的指紋，雖然警方認(rèn)為這是自殺案件，但種種疑點(diǎn)表明這絕對(duì)是謀殺。

步美生病一人在家休息，就連有電話打進(jìn)來(lái)她也因熟睡也沒(méi)有接聽(tīng)，但過(guò)了一會(huì)兒，步美聽(tīng)到有人撬門(mén)的聲音，不禁想起了前些日子歹徒入室殺人的事情，可她還沒(méi)來(lái)得及報(bào)警，歹徒就破門(mén)而入了，她慌忙躲在床下，用少年偵探的徽章聯(lián)系柯南，因?yàn)椴荒苷f(shuō)話她就用假面超人鬧鐘聲音代替自己傳達(dá)求救訊息，可元太光彥確認(rèn)為步美在惡作劇，柯南會(huì)棄之不理還是解開(kāi)暗號(hào)呢？步美又會(huì)展開(kāi)怎樣的自救？

原來(lái)這個(gè)叫葉才三的人，就是二十年前「四億元強(qiáng)盜殺人案」的主謀，鮫崎和小武郎急忙趕到葉才三所在的101號(hào)房卻發(fā)現(xiàn)屋內(nèi)空無(wú)一人，反而吵醒了睡在隔壁的服部，之后，大家找遍交響樂(lè)號(hào)也沒(méi)有發(fā)現(xiàn)葉才三的身影，如果挨過(guò)今晚，法律將不再追訴他們二十年前所犯下的罪行，葉才三和他的同伙也將恢復(fù)自由之身。十二點(diǎn)之后，甲板上傳出槍聲旗子也被人點(diǎn)燃，柯南發(fā)現(xiàn)了一張寫(xiě)有奇怪語(yǔ)句的紙鈔，這時(shí)，船尾發(fā)生爆炸，而在這熊熊大火之中，隱約可見(jiàn)一具尸體。

警方看到落地窗的鎖上有血跡，并在玻璃碎片上了發(fā)現(xiàn)了一個(gè)小洞，柯南和平次作出大膽推測(cè)，期間，柯南因看到遠(yuǎn)處樹(shù)上掛著的不明物體差點(diǎn)墜落陽(yáng)臺(tái)，而當(dāng)時(shí)在旁邊的菊人卻因?yàn)閼指甙Y，沒(méi)有伸出援手，所幸有驚無(wú)險(xiǎn)。在樹(shù)上找到兇器之后，兩人將所有的線索串聯(lián)起來(lái)，沒(méi)錯(cuò)，兇手就是那個(gè)人！他們將所有人都叫到案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)，說(shuō)櫻庭就是兇手，可事實(shí)真是如此嗎？