"1948年4月，共產黨西北野戰軍發起西府戰役，圍攻西北重鎮寶雞，國民黨因此被迫放棄延安。南京國防部二廳軍事技術處處長俞北平正在家中整理儀表，準備去趕去清城的火車見道濟銀行董事長張瀚民 ，去拿自己女兒徐丹妮放在他處的五線譜譜紙。卻不料張瀚民被南京國防部二廳特別調查處處長鄭翊查出是共產黨潛伏在南京的特務，鄭翊當天便帶人來到道濟銀行，見張瀚民不在，便挾持了道濟銀行的接待員，欲通過她逼問出關于共黨的信息。正在這時，俞北平恰好打電話來道濟銀行找張瀚民，這讓鄭翊不由得懷疑俞北平是張瀚民的同黨。接待員在鄭翊的監控下，戰戰兢兢地接完了俞北平的電話。隨后，鄭翊向她詢問俞北平和張瀚民兩人交往細節，接待員不欲告知其信息。鄭翊見此掏出手刀，殘忍地刺穿了接待員的手心。接待員一時間痛不欲生，哀嚎連連。與此同時，俞北平整理好了儀表要出門，正好遇到了樓下等待著他的岳父，南京國防部二廳副廳長徐文正。俞北平一直在徐文正的授意下，同張瀚民有生意來往，而此時張瀚民被查出是共產黨，徐文正便提醒俞北平跟張瀚民及時撇開關系，免得淌入渾水。而道濟銀行的接待員在鄭翊的嚴刑逼供下，終于屈服，告訴他們共產黨特務相約于今日下午一點在九號公

平田三郎一連跟蹤了林雨竹三天，林雨竹每天早早出門閑逛，直到天黑才回酒店，沒有發現任何異常，平田三郎累得叫苦不迭，他打電話如實向小林武義匯報，小林武義讓他繼續跟蹤林雨竹。林雨竹一早出門，平田三郎在后面緊緊跟隨，林雨竹走進一家藥店就消失不見了，平田三郎發現藥店有后門，他才意識到自己上當了。林雨竹甩掉平田三郎的跟蹤，她用路邊的公用電話和寧波幫頭子取得聯系，那是姚華康給她的。林雨竹來倉庫驗貨，那是一批做槍支彈藥的無縫鋼管，屬于違禁品，林雨竹負責辦特殊運輸證，拜托青幫頭子聯系渡輪，青幫頭子讓她幫忙運一批棉布去寧波，林雨竹滿口答應，讓平田三郎負責辦特殊運輸證。當天夜里，林雨竹給平田三郎送來一大盤榴蓮，順便向他要通行證，平田三郎堅持要親自見一見供貨商。林雨竹帶平田三郎來見青幫頭子，平田三郎才亮出特別通行證，雙方約好明天開始裝船，后天出發回寧波。林雨竹出門就上了一輛汽車，平田三郎緊隨其后跟過去，林雨竹用金蟬脫殼之計甩掉他們，和上海的地下黨來接頭。南陽華商出資購買了一批抗生素，冒著生命危險運到上海，林雨竹發誓要像愛惜自己生命一樣保護那批藥，她拜托來接頭的同志把運輸藥品的渡輪改裝成日本軍需船的樣子，還讓他

吳昆才雖有怨氣，但最后還是被何群說服。而鄭翊為了最快平息清城亂局，派了軍隊鎮壓游行的群眾，并四處抓捕學生。徐丹妮的學校也遭遇此劫，為了避免女兒受到傷害，俞北平來徐丹妮學校接她，卻遭徐丹妮抗拒，俞北平只能無奈看她跑開。隨后，俞北平向下屬詢問遲又一的下落。鄭翊同何群策劃“比基尼”計劃的事，提出制造南京正在同蘇聯談判的假象，等美方一走，他們便將南京送給蘇聯，以此來阻止共軍南下的步伐。 此方法雖很冒險，但此時已無其他辦法。同時，鄭翊也提出要從徐丹妮下手，來壓制俞北平。為誘導徐丹妮，宋強等人找到遲又一，要求他為已方辦事。在宋強的威逼利誘下，遲又一遲遲不肯妥協。正在僵持之際，鄭翊趕到，見遲又一還沒被拿下很是不滿，便提醒宋強要善用攻心之計。之后，宋強抓了遲又一的妻兒脅迫遲又一，遲又一只能妥協。范自強經過面目調整后，成功化身為李可夫，并按鄭翊的安排到咖啡館同吳昆才見面。吳昆才告知他幾日后準備同一個南京來的高級參謀見面，以此來制造南京已經甩掉美國，轉而向蘇聯合作的假象。俞北平在從徐丹妮學校回住所的路上，跟程忠義交談來了解林莎以及她的哥哥林沖曾經的狀況。另一方面，美方驚訝地發現李可夫并沒有隨蘇聯談判小組回

俞北平勸告張凱硬闖金湖會館救吳昆才的計劃不可能完成，并抓住張凱急于救吳昆才的心態，用幫忙救吳昆才的條件，誘導張凱寫下“約翰案”的自白，寫明約翰之死是張凱一人所為，并點出這是黨內斗爭的結果。吳昆才不僅是張凱的姐夫，還是他的良師益友，張凱為了吳昆才，最后同意了俞北平提出的這筆交易。另一方，鄭翊和林莎通過乘坐火車的人員記錄，發現張凱和約翰案有千絲萬縷的聯系。之后，鄭翊發現俞北平失蹤，大為惱火，火速召集特調局人員，搜尋俞北平并抓捕頭號嫌疑人張凱。這時，張凱挾持俞北平驅車回到金湖會館，按照他事先同俞北平商量好的那樣，打開俞北平辦公室的保險箱，拿到關于約翰案的全部資料，隨后，他準備去救出吳昆才。等張凱離開后，待在車里的俞北平突然明白過來，約翰案本就同共黨無關，如此一來，他放在趙冰冰首飾盒里的膠片反而成了巨大疏漏，他急于找到另一只替罪羊以摘清自己。徐丹妮在同趙冰冰談天期間，發現趙冰冰等人根本不是共產黨，她奮起反抗，卻被趙冰冰擊暈。張凱一路殺人，闖入吳昆才的羈押室，要把他救出去，不料吳昆才卻道張凱愚蠢。原來殺害約翰，陷害蔣維民本是南京那方的主意，而南京本自會找機會將吳昆才搭救出去，而張凱此舉無疑是讓自

小林武義口口聲聲稱1644部隊在傳染科做試驗，都是用日本人做標本，林雨竹當面拆穿他的謊言，以及他們利用姚華康對目擊者萍萍潑硫酸報復這種令人發指的的罪行，小林武義被說得啞口無言。小林武義來到傳染科，狠狠教訓了增田知貞的學生，埋怨不該為了節約成本在醫院做試驗，應該神不知鬼不覺把萍萍殺死，而不是用那種拙劣的手段。姚華康帶領警察去濟世醫院抽查良民證，對不服者全部拘留，徐醫生正在給患者看病，警察硬闖進去，徐醫生大為不滿，警察就對他拳打腳踢，姚華康還在一旁說風涼話，萍萍沖出來護住丈夫徐醫生，姚華康認出她，對她惡語相向，姚華康妻子攙著婆婆從診室出來，姚華康才知道徐醫生正給來母親看病，他趕忙陪著笑臉向徐醫生認錯。林雨竹聞訊趕來，讓姚華康嚴懲打人的警察，否則就全部停診，姚華康只好帶人悻悻離開。林雨竹知道姚華康不會善罷甘休，讓徐醫生和萍萍連夜轉移，以免遭人報復，可他們倆的良民證還在姚華康手里，林雨竹答應想辦法讓他們出城，萍萍和林雨竹灑淚告別。孫啟忠買通了去城外埋死人的警察，讓萍萍和徐醫生假裝死尸被運出城。姚華康一早來找徐醫生給母親看病，林雨竹反而找他要人，還拿出萍萍和徐醫生的絕筆信，一口咬定姚華康讓他們夫