藤枝干雄收到暗殺的威脅，為了阻止暗殺找來(lái)了小五郎，而委托的酬勞竟然是1千萬(wàn)日元！但在事件解決之前小五郎居然用掉了五百萬(wàn)日元，之后因?yàn)闊o(wú)力阻止暗殺，最終分居中的妻子妃英理代替他去了委托人那里。而同時(shí)到達(dá)那里的還有柯南的母親工藤有希子！而此時(shí)通過(guò)監(jiān)視器眾人發(fā)現(xiàn)獨(dú)自在房間里的藤枝竟然倒地不起！沖過(guò)去之后發(fā)現(xiàn)藤枝干雄已經(jīng)死亡。

柯南等人通過(guò)電訊公司查到了三個(gè)可疑人士，之后，他們又分別向當(dāng)時(shí)不明人打電話的出處進(jìn)行確認(rèn)，最終將目標(biāo)鎖定在一家以推理家命名的店，店主說(shuō)當(dāng)時(shí)打電話的是一個(gè)帶著墨鏡常來(lái)光顧的客人，于是，柯南等人迅速趕往此處，正巧遇到了這名客人，就在小五郎要上前詢問(wèn)時(shí)，柯南將他麻醉，把事情的來(lái)龍去脈說(shuō)的一清二楚，并利用小孩子的身份，從墨鏡男口中騙取了這個(gè)手機(jī)的號(hào)碼，警方順藤摸瓜，找到了手機(jī)主人的住處，還發(fā)現(xiàn)了有關(guān)賄賂的賬簿。

雖然他們四人都有不在場(chǎng)的證明，但警方和小五郎仍然對(duì)他們保持懷疑態(tài)度，并前去他們當(dāng)時(shí)所在的唐戶市場(chǎng)、唐戶棧橋和海響?zhàn)^逐一進(jìn)行確認(rèn)，就在小五郎自認(rèn)為推理出整個(gè)案件時(shí)，野島榮子卻跑去警局自首，她將自己殺人的過(guò)程和動(dòng)機(jī)一五一十的坦白，隨后她的三位朋友趕到，為了友情他們又曾有何行動(dòng)？真正殺死真尾的人真的是野島榮子嗎？

妃英理律師與號(hào)稱美女檢察官的九條對(duì)簿公堂，本案的被告入室盜竊被屋主發(fā)現(xiàn)，當(dāng)他們扭打的時(shí)候，被告人不慎失手將屋主殺死，但九條卻認(rèn)為被告是蓄意謀殺，甚至想以強(qiáng)盜殺人的罪名讓被告入罪，面對(duì)咄咄逼人的檢察官，妃英理勢(shì)必會(huì)陷入一場(chǎng)硬戰(zhàn)。為幫助妃英理，柯南和小五郎前往案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)重新調(diào)查，他們竟然在這里發(fā)現(xiàn)了一條關(guān)鍵線索。

平松正樹(shù)刺殺了社長(zhǎng)梅谷四朗，在乘車逃走的中途墜下懸崖死亡。警方判斷為事故，柯南卻確信此為殺人事件。看到梅谷被平松刺殺時(shí)的錄像帶后的柯南發(fā)覺(jué)了某種奇妙的違和感，在調(diào)查停車場(chǎng)后發(fā)現(xiàn)了一些奇怪的痕跡后解明了事件真相。在“沉睡的小五郎”的推理中犯人最終承認(rèn)了罪行。