妃英理律師與號(hào)稱美女檢察官的九條對(duì)簿公堂，本案的被告入室盜竊被屋主發(fā)現(xiàn)，當(dāng)他們扭打的時(shí)候，被告人不慎失手將屋主殺死，但九條卻認(rèn)為被告是蓄意謀殺，甚至想以強(qiáng)盜殺人的罪名讓被告入罪，面對(duì)咄咄逼人的檢察官，妃英理勢必會(huì)陷入一場硬戰(zhàn)。為幫助妃英理，柯南和小五郎前往案發(fā)現(xiàn)場重新調(diào)查，他們竟然在這里發(fā)現(xiàn)了一條關(guān)鍵線索。

雖然他們四人都有不在場的證明，但警方和小五郎仍然對(duì)他們保持懷疑態(tài)度，并前去他們當(dāng)時(shí)所在的唐戶市場、唐戶棧橋和海響?zhàn)^逐一進(jìn)行確認(rèn)，就在小五郎自認(rèn)為推理出整個(gè)案件時(shí)，野島榮子卻跑去警局自首，她將自己殺人的過程和動(dòng)機(jī)一五一十的坦白，隨后她的三位朋友趕到，為了友情他們又曾有何行動(dòng)？真正殺死真尾的人真的是野島榮子嗎？

小蘭在英語課上開小差后被老師朱蒂發(fā)現(xiàn)，看到了『×』的標(biāo)記，但卻不知其意。放學(xué)后，園子同朱蒂與柯南一起去咖啡店。突然大廈內(nèi)停電，咖啡店邊的電梯發(fā)現(xiàn)男性的尸體。是誰被殺了，而在死者隨身帶著的資料帶上有用血書寫的『○×△』又有什么意思？是被害者留下的暗示嗎，柯南發(fā)現(xiàn)死亡信息的不同之處，是否解開了死亡信息的謎題？

某日，童星絹川和輝來到毛利偵探事務(wù)，委托小五郎根據(jù)他媽媽寄來的明信片找出她的所在，于是，柯南一行四人跑遍熱海的旅店進(jìn)行詢問，最終找到了有這張明信片的旅店，店里除了三名女店員，還有一位叫下鴨的客人，當(dāng)晚，小蘭去給下鴨送鏡頭蓋時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)他被人勒死在浴室中，趕到案發(fā)現(xiàn)場的警察從下鴨當(dāng)時(shí)拍攝的照片中發(fā)現(xiàn)，兇手是一個(gè)胸口有痣的女人，絹川得知后很難過，因?yàn)樗赣H的胸口就有一顆痣。

此次幽靈恐慌的第二天，柯南他們下榻的民宅的主人—永倉先生被人襲擊了。永倉先生雖然沒有生命危險(xiǎn)，但是犯人是誰卻不得而知。警察以重要參照人為理由帶走了從在進(jìn)行地球遺產(chǎn)登陸委員會(huì)那里派來的缺德調(diào)查官川治，但柯南卻發(fā)覺這其中不自然的地方，最終少年偵探團(tuán)的各位找到了真正的犯人并將找出了幽靈少女的真相。