紀曉嵐與和聯手派人護送御醫呂長安安在回京，這對多年來的冤家對頭即使在相互合作時也不忘反唇相譏，彼此嘲謔。 從呂長安之口，眾人才知四姑娘與十四王爺乃是藥方奇案的罪魁禍首，眼前紙包不住火，陰險毒辣的十四王爺決定丟卒保車，要四姑娘刺殺紀曉嵐后再自殺，以消滅罪跡，眼見自己忠心耿耿追隨的人竟如此冷酷無情，四姑娘徹底絕望，將一劑毒藥一飲而盡。 紫禁城內，皇上召見文武百官，和得意洋洋肆意表功，紀曉嵐巧設圈套，使和、福康安挪用貢品的不義之舉和此后協助自己調查藥方密案的合作之功一一道出，搞得二人一驚一乍。 十四王爺應召入宮見駕，藥方奇案終于到了真相大白的時候。

莫愁救出的那位女子自稱是《紅樓夢》作者曹雪芹之妻湘云，因慕紀曉嵐之名，特意拜訪，希望能借助正在編纂《四庫全書》的紀大人之手，使“紅樓”重見天日。紀曉嵐與寄居其府宅“閱微草堂”的小月、莫愁為書中情節所感染，急欲一睹作者面目，一起來到香山紅葉村，眼前的景象卻著實凄涼：殘垣斷墻，人去室空，只有作者遺像懸掛在墻上。正身傷感，卻被福康安的大隊人馬圍堵，說是要搜捕反清復明的殘孽余黨。 利用《紅樓夢》這部所謂的反書，福康安落井下石，將紀曉嵐投入天牢，和幸災樂禍，假意探望。正當小月、莫愁一籌莫展，從泰山而來的皇上口諭意外地救了他們。原來太后嗜好紀府以中藥炮制的話梅，限期二日之內速送至泰安府。剛剛在第一回合的較量中占了風頭的和雖不甘就此罷休，憚于太后、皇上之命，放了紀曉嵐出獄。 湘云怕《紅樓夢》書稿被抄沒和失落，執意要求由紀曉嵐來保管，面對她的信任，紀曉嵐決心不惜身家性命，定為這部千古奇書盡了綿薄之力，使之盡早刊行于世。

左山傀無意中提到香積庵，紀曉嵐與趙青前去探訪。考場之外，和珅與敏德三人當著小月做出嚴查之勢，實則根據考生文具上的標記，使那些花錢作弊的考生順利進入考場。正當和珅得意之時，紀曉嵐趕到，將敏德手下負責搜檢考生的兵丁全部調換，并重新進行檢查，將已經蒙混過關的考生查出。趙青詫異于吳盛欽沒有參加恩科考試，吳盛欽卻表示自己以重金賄賂考官，不用考試也能坐上官椅。和珅發現趙青欲找紀曉嵐告發此事，便派人將其劫持到香積庵以滅口。和珅等人本以為考試結束便萬事大吉，誰知紀曉嵐提出為了避免考生在試卷上留暗語作弊，要找人重抄試卷。正當趙文龍及眾閱卷官不知如何是好時，左山傀想出一計。

"東南亞某地。東南亞貿易商宋金言和北極國際貿易公司總經理一起進貨停了車。孫和平，現任北方機械廠副廠長兼國際貿易公司總經理，在廠里很多人看來，孫和平只不過是個賣耗子藥的，說難聽了那就是不務正業，但是不得不承認孫和平賣一包老鼠藥的利潤超過了一臺發動機的利潤，占了我市海外銷售的半壁江山，很不客氣地說，廠里現在全靠孫和平養著呢。宋金言很想要孫和平的耗子藥和發動機的代理，但是孫和平始終沒有答應。二人正在閑聊，幾輛警車突然到來，幾位特警端著槍朝他們緩緩逼近。北方機械廠黨委會討論新的廠長，孫和平是最好的候選人，指望他回來救廠子但是依舊有不少反對的聲音。廠子面臨倒閉，錢很重要。而此時，孫和平和宋金言面對東南亞的警匪大戲，躲在車底保命。這個時候接到錢書記打來的電話，讓孫和平回來當廠長，然而孫和平不愿意，更別說現場槍聲不停，他今晚也許就在這兒犧牲了。槍聲好不容易停了，孫和平松了口氣，但是他的老鼠全被打死了。宋金言聽說孫和平要回國的消息心情有些復雜，還在爭取東南亞的代理權，畢竟他們都快破產了。孫和平不同意，只要有他在，北機就不可能破產！龍書記要調到市里享清福了，錢書記請求他留在這里再幫幫自己，卻遭到了無情的

紀曉嵐夜讀時又接到被扔進窗子的紙條，上面寫有郭天的消息，紀曉嵐懷疑黑衣人正是張了了。紀曉嵐夜探郭天，得到通報的和珅與盧焯眼見沒有退路，只得慌忙扮成囚犯躺在隔壁囚房。乾隆看到瑤琴乘坐的馬車很是欣喜，不料落入盧安的圈套，也被一同押走。乾隆三人被關在洞中，外面重兵把守。乾隆佯裝自殺以騙過盧安，再見機救出瑤琴。紀曉嵐終于醒悟，誓要擺脫情感糾葛，全力調查國庫虧空一案。紀曉嵐扮作江湖郎中，偶遇掌管賬本的宋司庫，以自己掌握的情況博得宋司庫信任，并抓住其惶恐的心理，以消災為由取得真賬本。和珅模不透紀曉嵐葫蘆里賣的是什么藥，便決定先下手為強，命盧安將瑤琴押回杭州以要挾郭天認罪，卻沒料到乾隆在盧安即將動身時救出瑤琴。