園子和小蘭差點(diǎn)被車撞了，由此認(rèn)識(shí)了那個(gè)司機(jī)吉野千惠。千惠抱怨最近老是頭昏，頭痛。而她的丈夫卻沒(méi)有提醒小心路上斷層的事情才導(dǎo)致了之前的驚險(xiǎn)。小蘭總覺(jué)得千惠丈夫的態(tài)度有些奇怪。在拜訪千惠家的時(shí)候小蘭她們得知千惠的丈夫?yàn)樗?gòu)買了一千萬(wàn)日元的保險(xiǎn)，疑團(tuán)逐漸增多。經(jīng)過(guò)調(diào)查，千惠丈夫的意圖最終暴露出來(lái)。

茂木認(rèn)為小五郎是兇手而開(kāi)槍將他射傷，當(dāng)前來(lái)“黃昏別館”的所有名偵探都命喪黃泉時(shí)，電腦上居然出現(xiàn)了一行關(guān)于寶藏的信息，一直躲在監(jiān)視器操控室的神秘幕后黑手終于按捺不住露出了真面目，沒(méi)想到這個(gè)人居然是……柯南引導(dǎo)她說(shuō)出了整件事的真相，而這時(shí)，本應(yīng)死去的偵探們居然都出現(xiàn)在門口，可到底是怎么回事？這棟別墅的寶藏又是什么？

柯南等人循著灰原留下的記號(hào)一路尋找，因?yàn)閮词志驮谕械娜C人之中，灰原和光彥就在大樹(shù)下面留下一些散落的蘑菇作為暗號(hào)，躲在叢林里期望柯南能有所行動(dòng)制服兇手。柯南果然不負(fù)眾望，破解了灰原留下的暗號(hào)，正準(zhǔn)備麻醉兇手時(shí)，卻又有所猶豫，并大聲喊出了灰原和光彥，柯南到底有何用意？

柯南一開(kāi)始就知道兇手是誰(shuí)，但他卻苦于找不到證據(jù)，然而當(dāng)他無(wú)意間看到勒在素夫脖子上的領(lǐng)帶，沒(méi)錯(cuò)，證據(jù)就是這個(gè)！另一邊，目暮警官發(fā)現(xiàn)素夫死前所買保險(xiǎn)的受益人是菊代，而且在素夫消失的這段時(shí)間她也曾來(lái)過(guò)倉(cāng)庫(kù)以及根據(jù)美濃所提供的證詞，這一切線索不得不讓警方懷疑殺死素夫的兇手就是菊代，而菊代也是百口莫辯。這時(shí)，柯南將園子麻醉，借助變聲器將事情的真相一一道出！

某日，一個(gè)叫上田丈二的醫(yī)師找到小五郎，拜托他調(diào)查自己的朋友吉村遭到不明人士恐嚇的事情，當(dāng)他們來(lái)到吉村所在的公寓剛準(zhǔn)備上樓時(shí)，突然聽(tīng)到有東西墜落的聲音，柯南急忙跑去，卻發(fā)現(xiàn)吉村的尸體，目暮警官趕來(lái)之后，對(duì)吉村的公寓進(jìn)行了仔細(xì)的調(diào)查，而柯南卻將注意轉(zhuǎn)移到了住在六樓的上田身上。