小蘭，園子和柯南在溜冰場認(rèn)識(shí)了五個(gè)自稱是陶土射擊愛好者的朋友，就在大家等待看煙火的時(shí)候，洗手間卻傳來園子的尖叫，大家慌忙趕到現(xiàn)場時(shí)，看到的卻是千尋遭人用散彈槍擊中胸部倒坐在洗手間的慘狀，她的尸體旁邊留下了一個(gè)用血寫成的S狀文字，于是小五郎推斷這個(gè)英文字母代表著「兇手就是佐野泉」的信息，但高木和目暮警官卻推翻了他的猜測，之后，警方在死者的攜帶行動(dòng)電話上發(fā)現(xiàn)了KIX的字樣。

雖然少年偵探團(tuán)被發(fā)現(xiàn)且命懸一線，不過幸好柯南及時(shí)趕到，大家得以解救，至于這個(gè)黑衣女人根本不是組織里的人。回家的路上，灰原識(shí)破柯南的身份并說自己是黑衣組織的人，而阿笠博士現(xiàn)在已經(jīng)……，聽到這些，柯南匆忙趕去博士家卻發(fā)現(xiàn)博士安然無恙，而這時(shí)灰原也回到家，原來她因?yàn)榻憬愕氖虑橐呀?jīng)背叛了組織并且服用了和柯南一樣的藥讓身體變小，走投無路之下來到工藤家，被博士發(fā)現(xiàn)而收留。

在插花藝術(shù)家岡野利香的個(gè)人紀(jì)念發(fā)表會(huì)上，酒店的經(jīng)理白木突然離奇死亡，柯南注意到白木胸前的花，在偷偷潛入岡野利香的房間后，成功找到氟化氯和氫酸硅化物，看來兇手還要繼續(xù)殺人，當(dāng)柯南看到舞臺(tái)岡野利香用以表演的花朵時(shí)，便急忙阻止它們綻放，因?yàn)榘啄舅劳龅拿孛芫筒卦谶@些花朵之中。

靜岡縣的橫溝警官特地找到小五郎拜托他調(diào)查一起怪異的案件，此次案件的受害者是演員小宮山，雖然被害者只有一名，但是前來自首說自己是兇手的卻有三人并且這幾人都有理有據(jù)的說出了自己的動(dòng)機(jī)和行兇方式，由于事情緊急，橫溝希望小五郎可以盡快做出推理。趕到案發(fā)現(xiàn)場時(shí)，柯南再次對(duì)證人進(jìn)行詢問，并得知了事情的真相，兇手是自首三人中的一人？還是另有神秘四人？

柯南和服部發(fā)現(xiàn)所有的被害者都有開車的記錄，深入調(diào)查后服部等人察覺到事情可以追溯到20年前，因?yàn)樗械谋缓φ叨籍厴I(yè)于同一所駕校，并且畢業(yè)那天，他們的教練因酒駕而喪生，案情剛有進(jìn)展小蘭就接走了柯南，途中他們逮捕了和此事相關(guān)的通緝犯沼淵，而另一邊，服部則前去找和被害者們同一屆畢業(yè)的鄉(xiāng)司議員，在等待的過程中，服部從20年前那張駕校的畢業(yè)照上發(fā)現(xiàn)了事情的真相。