小五郎受浦生良造的委托幫忙找能夠證明他清白的目擊證人，本以為小事一樁，沒(méi)想到出乎意料的困難。幾日之后，浦生良造的遺體被人發(fā)現(xiàn)，因?yàn)槲迥昵八羞^(guò)含冤被抓的經(jīng)歷，因此不愿再次承受這樣痛苦的他選擇了自殺，然而，小五郎認(rèn)為這是一起他殺事件，于是他聯(lián)手老友竹岡一起調(diào)查。之后，他們找到了死者的外甥京介并將他鎖定為嫌疑人，可是次日京介就死在了家里，與此同時(shí)也找到了他的不在場(chǎng)證明，小五郎認(rèn)為這都是自己所造成的結(jié)果，于是決定摘掉事務(wù)所的招牌。

茱蒂老師以卡梅隆搜查官女朋友的身份出現(xiàn)瞞過(guò)了木暮警官，這時(shí)，警方找到了一個(gè)裝有雨衣和兇器的紙袋并且還在死者的便簽本上發(fā)現(xiàn)了一句疑似死亡訊息的話，根據(jù)這些線索，就連第一個(gè)發(fā)現(xiàn)尸體的女秘書(shū)也成了懷疑的對(duì)象。另一方面，水無(wú)憐奈雖然重新回到黑暗組織，卻遭到組織的懷疑，為了證實(shí)她是否被FBI所籠絡(luò)，組織派給她一件任務(wù)，那就是殺掉赤井秀一。

柯南、小蘭和小五郎一起去逛商場(chǎng)，沒(méi)想到書(shū)店附近傳來(lái)了一聲尖叫，只見(jiàn)一名男子渾身是血昏倒在地，接到電話的警方火速趕到并立刻封鎖現(xiàn)場(chǎng)，期間柯南和偶遇的灰原從一名小偷那里得知了歹徒的些許信息，之后，二人又對(duì)樓上的牙科診所進(jìn)行了調(diào)查，根據(jù)搜集到的信息，他們鎖定了目標(biāo)，就在歹徒企圖再次傷人時(shí)，警察及時(shí)趕到。

當(dāng)晚，這名潛入醫(yī)院的黑暗組織同伙南田陸道果然展開(kāi)了行動(dòng)，但同時(shí)FBI也暴露了行動(dòng)，南田陸道在驅(qū)車逃跑的過(guò)程中舉槍自盡，雖然柯南破壞了他的手機(jī)但他還是通過(guò)其他手段將搜集來(lái)的信息傳給了組織。既然事情發(fā)展到這種地步，轉(zhuǎn)院無(wú)疑就是在向黑暗組織昭示水無(wú)憐奈就在這里，所以只能另想對(duì)策。另一方面，英祐伺機(jī)潛入了水無(wú)憐奈的病房，并發(fā)現(xiàn)她早已從昏迷中蘇醒。

康司、義郎以及綾華這三位死者有一個(gè)共同點(diǎn)，那就是他們?cè)c阿景和繁次一起挖過(guò)武田信玄的秘密金山。之后，柯南和服部去龍尾家查看武田信玄的盔甲時(shí)碰巧看到了他常用的軍事戰(zhàn)略“風(fēng)林火山”而這正好與康司、義郎和綾華的死亡狀況相符合，那么，由此可以推斷兇手出接下來(lái)可能要施以目標(biāo)以火刑，就在這時(shí)，和葉打來(lái)電話說(shuō)有人倒大火之中，而這個(gè)人就是繁次。