委托人為表示感謝，招待小五郎三人溫泉旅行，他們在搭乘湯之山縣的列車上，遇到了兩名爭吵的醫生佐藤、伊達，期間伊達曾生氣離開。換乘休息的途中，警察在與湯之山線列車路線基本相同的花之街線列車上發現尸體，柯南洞察到伊達神情怪異有犯罪嫌疑，可他是怎么樣在兩趟不一樣的列車上游走殺人的？

這天，少年偵探團跟阿笠博士一起來到電影“哥美拉”的拍攝現場由博士的朋友三上導演帶著參觀。但這是電影的制片人龜井卻說出了電影要在今年終結的事實。突然從休息室傳出了松井的哀嚎聲，原來松井竟然被人刺殺！當少年偵探團的各位趕到片場時看到了哥美拉刺殺龜井的現場！在追蹤哥美拉后只找到被焚燒的哥美拉服。看似毫無頭緒的現場在柯南縝密的勘察下最終發現了犯人的身份。

放學后，光彥一伙兒聚在一起研究寬波段接受器時，無意中接聽到了一個綁架恐嚇電話，大家都很擔心這個被綁架的女孩性命，便決定根據這通電話找到女孩，柯南根據歹徒陸續打給女孩爸爸的電話，和伙伴們一步步找到了被害人和歹徒的位置，成功解救人質。

某天，小五郎，小蘭和柯南三人走到坂口家時，討論起了他的愛狗約翰和他八年前自殺的兒子，這是，突然沖出一名女子大喊小剛被約翰殺死，原來是坂口先生拜托小剛在他出差的時候照顧約翰，可沒想到能釀成這樣的悲劇，柯南在調查坂口兒子正人自殺的事時，發現正人的自殺和小剛有關，坂口成為最大的嫌犯，可他到底下了什么命令讓約翰襲擊小剛？

看到防盜鎖上膠帶的痕跡，又通過試驗證實自己的推測，柯南輕松破解密室難題。在調查過程中，柯南在銅像附近找到了自己掉落的鋼筆，他注意到酒店下的風，詢問得知這叫「公主風」，將「公主風」和其他七位旅客的房間位置結合，柯南斷定兇手就是那個人，這時，小蘭急匆匆跑來說找到可以洗清前田嫌疑的證據，柯南利用小五郎展開了一場精彩的推理和實驗。