阿笠博士帶著柯南等人一起來(lái)到丸見碼頭釣魚，還在這里結(jié)識(shí)了釣客白根、金谷和江尻 ，之后，大家各自尋找釣魚的位置，唯獨(dú)江尻一人在防波塊上釣魚，經(jīng)過了漫長(zhǎng)的等待，除了光彥釣上了一條竹莢魚，其余人均無(wú)所獲，就在大伙兒準(zhǔn)備離開時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)江尻中毒昏倒。

柯南在舊大社車站找到了可以證明江角案發(fā)時(shí)不在場(chǎng)的目擊證人，幫江角洗清嫌疑之后，福間也不在隱瞞而說出了事情的真相，其實(shí)在他到達(dá)現(xiàn)場(chǎng)的時(shí)候，鱷淵已經(jīng)死亡，在尸體身邊他發(fā)現(xiàn)了江角的項(xiàng)鏈，于是，就出現(xiàn)了兩人互相包庇的戲碼。既然鱷淵并非這對(duì)情侶所殺，那么兇手就在藤江和石飛之間，即使他們兩人都有不在場(chǎng)證明，真相也永遠(yuǎn)只有一個(gè)！

13年前，發(fā)生過的國(guó)友淳大的沉船海難事件和公館全體工作人員的家屬死亡事件漸漸的浮上水面。柯南認(rèn)為有恐高癥的波花不會(huì)接近關(guān)口被殺的3層的陽(yáng)臺(tái)，所以很難行兇。同樣茂子，綿引，赤冢也有奇怪的習(xí)慣和病癥，都不太可能是殺害關(guān)口的犯人。而在藥瓶上檢測(cè)出來(lái)的未知的指紋更使兇手的身份疑團(tuán)加深，但是在柯南的推理下最終確定了兇手的身份。

柯南和小五郎看到和果子店老板娘相川與警察發(fā)生爭(zhēng)吵，詢問得知，住在這棟公寓的小澤死亡，相川說她曾看到一名男子出入小澤家，因此認(rèn)為小澤是他殺，然而從對(duì)現(xiàn)場(chǎng)的勘察來(lái)說，警察認(rèn)為是自殺，于是，小五郎和柯南介入調(diào)查，并且警方還叫來(lái)了相川口中的殺人犯清水，雖然清水有足夠的不在場(chǎng)證明，但相川卻堅(jiān)持認(rèn)為兇手就是清水，這兩人之中，一定有人在說謊！

警方并沒有找到柯南等人看到的當(dāng)時(shí)那名男子所穿的灰色外套和背包，就在高木和佐藤準(zhǔn)備離開的時(shí)候，已經(jīng)知道兇手手法的柯南有意向他們做出暗示，根據(jù)柯南的提示警方破解了兇手制造不在場(chǎng)證明的手法，因此，加藤終究難逃法網(wǎng)。破案之后，高木警官?zèng)Q定在離開之前向佐藤警官表白，可是話剛到嘴邊，目暮警官就突然出現(xiàn)并告訴他……