以幕末的長(zhǎng)崎為舞臺(tái)，有坂本龍馬擔(dān)任的偵探而活躍的推理劇，正在負(fù)責(zé)寫(xiě)腳本的編劇家耕作先生突然消失蹤影，只寫(xiě)了一半的劇本則委托小五郎先生幫忙推理出劇中的真正犯人，調(diào)查了耕作房間的柯南等人發(fā)現(xiàn)了許多古董美術(shù)品竊盜團(tuán)的簡(jiǎn)報(bào)，這一切似乎都有著隱情。失蹤中的耕作先生利用郵件將后續(xù)的劇本傳送過(guò)來(lái)，在劇本中出現(xiàn)了奇怪的臺(tái)詞。

現(xiàn)場(chǎng)的鄰居是前男友（前篇）

在警方介入調(diào)查奈奈美母親的墜亡事件時(shí)，少年偵探團(tuán)的孩子們卻不見(jiàn)了蹤影，而現(xiàn)代當(dāng)家的助手長(zhǎng)瀨先生也不見(jiàn)了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各樣的機(jī)關(guān)，在塔內(nèi)他們還遭到了神秘人物的追趕，當(dāng)柯南反應(yīng)過(guò)來(lái)時(shí)身邊的伙伴們都消失不見(jiàn)，獨(dú)自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說(shuō)的話語(yǔ)，暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。

巧克力甜點(diǎn)師辻元先生在世界大賽上獲獎(jiǎng)的巧克力讓小蘭和園子非常期待，而辻元和他的美女店鋪設(shè)計(jì)師真悠子小姐的浪漫愛(ài)情也讓很多人憧憬。鈴木財(cái)團(tuán)的協(xié)助讓辻元的店鋪將在明天開(kāi)業(yè)，而園子和小蘭則是這個(gè)店鋪的第一組客人，在辻元展示自己獲獎(jiǎng)的作品時(shí)發(fā)生了意外，這并不是一起普通的事故，柯南已經(jīng)看出被烈焰所包裹的巧克力背后的隱情。

與服部一起來(lái)到東京的和葉在家庭餐廳買(mǎi)真空包裝咖喱時(shí)遇到了殺人事件，世良真純提議讓西部偵探代表服部與工藤借此機(jī)會(huì)進(jìn)行一場(chǎng)推理對(duì)決。趕到案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)之后，柯南、服部等人見(jiàn)到了第一個(gè)發(fā)現(xiàn)死者的卡梅隆警官，目前死者的身份無(wú)法確定，唯一的線索就卡梅隆曾聽(tīng)到過(guò)的死者疑似自殺的話，得知死者帶有關(guān)西口音后，服部推斷出兇手就在這家餐廳。