參加網(wǎng)球比賽的柯南他們來到熊本縣。市內(nèi)觀光的途中，園子撿到一部手機(jī)。手機(jī)的畫面上是“想要遇見那個(gè)孩子”的短信。園子與小蘭得到與園子同名女子的戀人的幫助，帶著手機(jī)出現(xiàn)在咖啡店。小蘭無(wú)意中聽到兩人的危險(xiǎn)談話被綁架，而在小蘭打來的電話中柯南他們開始進(jìn)行調(diào)查決心已定要組織這場(chǎng)謀殺！

朱蒂準(zhǔn)備辭去學(xué)校英語(yǔ)老師工作回美國(guó)。小蘭和園子為朱蒂舉辦了送別晚會(huì)，在去找中學(xué)同學(xué)七川的時(shí)候卻發(fā)現(xiàn)她正被打工的便利店里的訓(xùn)斥。為了洗清朋友小偷的嫌疑，小蘭她們開始尋找沒有留下一點(diǎn)痕跡的小偷。但是從監(jiān)控錄像和店長(zhǎng)的證詞中都沒有小偷的蹤影，而店長(zhǎng)也準(zhǔn)備把七川送到警察局！

在柯南與少年偵探團(tuán)的孩子們及阿笠博士看比賽歸途的電車內(nèi)，支持者赤野被殺。犯人確定在3個(gè)人之中。卻沒有決定性的線索。柯南從哀收看的比賽轉(zhuǎn)播中得到提示，看穿了犯人的謊言。并揭穿了犯人其實(shí)沒有看比賽只是通過廣播收聽比賽過程的謊言。而犯人也道出了為被赤野殺掉的弟弟報(bào)仇的動(dòng)機(jī)。而此時(shí)柯南發(fā)現(xiàn)灰原遠(yuǎn)離人群，追過去后只看到列車奔馳而去？

在從伊豆回來的路上，因?yàn)樾∥謇傻能囎映隽斯收希履系热私枳URON健康器具公司的山莊。而此時(shí)，山莊里的3人正在新制品藥物社內(nèi)研究的關(guān)鍵時(shí)刻。第三開發(fā)部部長(zhǎng)平松正樹的制品馬上就要被采用了，然而社長(zhǎng)梅谷四郎被刀刺傷，并平松也遭遇車禍身亡。看似事故的現(xiàn)場(chǎng)柯南卻有著不一樣的看法。

正當(dāng)小蘭她們陷入困境的時(shí)候新一卻打來了電話，小蘭在電話里說明了現(xiàn)場(chǎng)的情況并指出有三個(gè)奇怪的客人借用過便利店的廁所。但是，貨物不見的那天，按規(guī)定只有七川值班。在新一的引導(dǎo)下小蘭確定了犯人的身份，并按照新一的提示找出了犯人。而店長(zhǎng)以償還偷盜物品為由留下了陷入困境的犯人。七川也洗清了嫌疑。