柯南和小蘭來(lái)到妃英理的事務(wù)所，期間，女子柔道冠軍有沢悠子前來(lái)拜訪，為了商量讓她丈夫困擾的跟蹤狂事件，一行人準(zhǔn)備前往有沢家調(diào)查，不想出發(fā)前，她的丈夫說(shuō)自己正在參加朋友的守靈可能會(huì)晚點(diǎn)回去，于是大家決定吃完晚飯?jiān)偃?huì)面，沒(méi)想到當(dāng)柯南他們?nèi)缂s到達(dá)時(shí)，有沢的丈夫已經(jīng)陳尸家中，柯南和妃英理都察覺(jué)到有沢悠子很可疑，可是她卻有不在場(chǎng)證明。

柯南、少年偵探團(tuán)、哀、阿笠博士來(lái)到阿笠博士友人所在村莊觀光，在夜晚的溪邊等待放螢火蟲(chóng)時(shí)，村長(zhǎng)的兒子中嶺和助手垂水乘坐運(yùn)送螢火蟲(chóng)的貨車到達(dá)。垂水打開(kāi)貨車上的箱子，螢火蟲(chóng)便成群結(jié)隊(duì)的飛了出來(lái)。元太為了要抓螢火蟲(chóng)，爬上了貨車，隨手拿走了貨車上的手電。在大家陶醉于欣賞螢火蟲(chóng)時(shí)，助手垂水接到一通中嶺打來(lái)的電話，說(shuō)中嶺在烏帽巖，救命。柯南等人到達(dá)時(shí)，發(fā)現(xiàn)中嶺已經(jīng)死在車內(nèi)，地上放著疑似有毒的飲料瓶，車內(nèi)還飛著一只……螢火蟲(chóng)。。。

警察在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了一個(gè)筆記本，上面以流動(dòng)日記的形式寫著這四名死者害死甲斐先生的秘密，根據(jù)這個(gè)筆記本，大和警官推測(cè)兇手就是因?yàn)閮?nèi)疚而動(dòng)手殺人的繁次。但是還有疑點(diǎn)并未解開(kāi)，于是，柯南和服部?jī)扇嗽俅蝸?lái)到了綾華的死亡現(xiàn)場(chǎng)，并從一名警察那里聽(tīng)到了關(guān)鍵的線索，兇手就是……

小說(shuō)家萬(wàn)田年久在旅館里趕寫小說(shuō)，在編輯島木催稿離開(kāi)房間后，萬(wàn)田化裝成服務(wù)生，帶著貓咪諾貝爾離開(kāi)了旅館。萬(wàn)田路過(guò)柯南等人打簡(jiǎn)易棒球的場(chǎng)地，進(jìn)入了弟子原本高平的家。萬(wàn)田從代理作者原本那里得到原稿后，將其殺害了。而偶然將球打入的柯南一行進(jìn)入房間后發(fā)現(xiàn)了被殺的原本。柯南則發(fā)現(xiàn)了萬(wàn)田的不自然。

555 鸛的探索之旅（追蹤陽(yáng)菜篇）日文名字：こうのとりミステリーツアー（陽(yáng)菜追跡編）對(duì)應(yīng)漫畫(huà)：動(dòng)畫(huà)原創(chuàng)收視率：10.9%播映時(shí)間：2009年11月14日簡(jiǎn)介：住院的陽(yáng)菜逃出醫(yī)院后乘上出租車。平次一邊聯(lián)絡(luò)在旅館的柯南，同時(shí)坐上出租車追蹤陽(yáng)菜。和葉，少年偵探團(tuán)，哀也乘坐其他的出租車緊隨其后。柯南推理認(rèn)為陽(yáng)菜把“彩虹之子”藏匿在某處，并猜測(cè)她正往那邊趕去。被關(guān)在車后備箱內(nèi)的小蘭用BD徽章聯(lián)絡(luò)元太等人。柯南依靠徽章傳來(lái)的聲音推測(cè)小蘭所在的位置，然而…。