紀曉嵐欲將揭露云州貪案詳情的帳冊請皇上過目，不想被警惕性極高的小月發現。無奈之余，靠口技迷惑守衛，幫助皇上與一逃離了禁錮。 云州知府吳大人求見皇叔十四王爺及其愛妃四姑娘，大加挑唆利誘。此二人早有覬覦皇位之野心，此番得知皇上落難，不免蠢蠢欲動，欲借刀殺人，從而東山再起。 云州府衙被人縱火，莫愁誤以為關在府衙牢獄中的同黨黃克明遇害，大為悲痛，負氣要殺紀曉嵐報復。幸紀曉嵐有過目不忘之才能，允諾可將已被毀的帳冊毫厘不差地復寫出。恢復自由的皇上決心不惜任何代價解救出這位足智多謀的名士，雙方正欲交換人質時，黃克明卻被一支毒箭身中身亡。紀曉嵐再次倫為莫愁、小月等人的階下囚。朝夕相處中，他的橫絕于世的才華與嫉惡如仇的品格逐漸感染了兩位行俠仗義的女子。 和福康安陪同驚魂未定的皇上看戲解憂，十四王爺、四姑娘亦悄悄躲在角落，虎視眈眈，趁人不備，四姑娘回茶中投毒。

貴寧別有用心地將小月的真實身份告訴紐氏，紐氏懷疑海升與小月有染。紀曉嵐提醒海升防備和珅，并泄漏了小月的真實身份。海升聞言愕然。紐氏勸海升歸順和珅，遭到海升的斷然拒絕。紐氏佯裝上吊，卻不知貴寧暗中將上吊繩系成死扣，于是一命嗚呼。貴寧借機大鬧靈堂，指出紐氏是被海升謀害致死。步軍統領衙門經過尸檢確認紐氏為自縊身亡，貴寧不服。和珅讓貴寧咬定紐氏是他殺，并讓女婿綿慶以繼承皇位為餌拉攏步軍統領衙門總督綿思。綿恩同意將此案轉給刑部復檢。刑部復檢的結果與初檢結果如出一轍，貴寧仍不予認可。和珅表示一切均在自己掌握之中，指使貴寧告御狀，誣蔑驗尸官為迎合紀曉嵐而謊報案情。

京城里彌漫著一種神秘香氣，由于來勢突然朝廷內外俱驚。乾隆命和珅迅速查明香氣源頭。一神秘女人，自稱知道香氣由來，原來紀曉嵐為了撰寫《四庫全書》而廣征天下藏書，好友顏驥踴躍獻書。和珅卻大興文字獄。乾隆在和珅的煽動下，將顏驥全家賜死。紀曉嵐無力回天，只有將顏驥生前收藏的西域煙草點燃，以此明志要為顏驥討回公道，也正是此獨特香氣使全城大亂。昔日神秘女子正是顏驥流落在民間的私生女顏如五。如玉認為一切都因紀曉嵐而起，決定替父報仇，紀曉嵐扮作戲子，在戲臺之上拿出乾隆賜予的金煙桿，表明要為顏驥翻案的決心。

紀曉嵐堅持讓乾隆追查以抓出幕后主謀，乾隆認為紀曉嵐沒有真憑實據難以信服。趙青斥責乾隆昏庸，乾隆在和珅的挑唆下欲治她的罪，紀曉嵐甘愿替趙青接受懲罰。小月與趙青相互傾訴對紀曉嵐的情意，兩人盡釋前嫌，成為好姐妹。和珅傳旨紀曉嵐被革職。紀曉嵐頗感失意，詢問趙青是否愿意與自己歸隱山野。趙青以江山社稷為重，拒絕了紀曉嵐。兩人借酒澆愁，四目相對，不能自己。紀曉嵐酒醒之后發現趙青已不辭而別，不禁為自己一時沖動而懊悔不已。紀曉嵐帶乾隆來到香積庵，根據了凡寫在墻上的暗語，找到了被藏在佛像之下的財寶。

小月望著一片廢墟、傷心之極。從小春口中得知紀曉嵐等已從暗道逃走，小月破涕為笑。乾隆向百官念叨缺少銀兩以備軍需，紀曉嵐帶領著工匠出現，許諾可以幫乾隆解決難題。人證、物證俱在，齊蘇圖只得低頭認罪。銀妃以死要挾乾隆放過齊家。見乾隆不為所動，銀妃自盡。和珅為了擴大自己在朝中的勢力，暗中支持村夫李二組織邪教，從而謠言惑眾，籠絡人心。一時之間，朝廷內外盡是李二的信徒。工部因大做法事導致衙門失火。和珅答應撥款給工部金尚書以重修工部衙門。御史海升之妻組氏參加了當日作法，海升將失火原因告知了紀曉嵐。和珅同黨吳省蘭將作法用書《佛法心經》奉與皇上，并夸口只要通讀此書，便可百病不侵。和珅不失時機地推薦吳省蘭任左都御史。乾隆以紀曉嵐著成《四庫全書》為由，指派他上任左都御史，并對其寄予厚望。紀曉嵐上任之時，和珅的黨羽劉構傲慢無禮地當眾打坐，向紀曉嵐挑釁。紀曉嵐覺察出邪教實力強大，決定剝繭抽絲，調查到底。