大家二次來到倉庫后發(fā)現(xiàn)了在門上方供奉著的神壇，而讓柯南更為好奇的是神壇對(duì)面的大算盤，這很可能是啟動(dòng)機(jī)關(guān)的鑰匙，仔細(xì)觀察倉庫之后，柯南發(fā)現(xiàn)了其中的蹊蹺，他叫來警察與他一起根據(jù)灰塵的多少撥動(dòng)算珠，果不其然，天花板漸漸向下移動(dòng)，警察不僅在這里找到了被盜的寶物還抓住了偷盜者，案件結(jié)束后，柯南揪出了那個(gè)一直暗中幫助元太他們的“軍師”，而這個(gè)人正是……

小蘭和小五郎按照指示來到了車站，就在這時(shí)阿波羅發(fā)現(xiàn)了在車站里奇怪的男人并得到了接下來的線索U字。之后小蘭一行來到了接下來的提示的瓷器店而這時(shí)阿波羅和母親一起離開剩下小五郎和小蘭繼續(xù)尋找線索。第二天在警方的要求下小蘭眾人繼續(xù)破解沒有完全解開的暗號(hào)，而就在眾人解開暗號(hào)來到會(huì)場(chǎng)之后，柯南發(fā)現(xiàn)賽場(chǎng)上的米奈芭有些不對(duì)勁！

妖怪倉庫是把貴重的物品放進(jìn)里面就會(huì)立刻消失的倉庫，少年偵探團(tuán)為了弄清真相決定一探究竟，元太他們?yōu)榱俗尶履下冻鰺o話可說的表情而干勁滿滿。在調(diào)查了倉庫內(nèi)部之后，柯南只看到了地板上留下的零星腳印和嵌在墻上的大算盤，除此之外別無他物。但從外面的天窗向里面看的話，就能看到堆積如山的寶物，可意外的是當(dāng)再次打開倉庫的門時(shí)，里面的寶物就全都消失不見，柯南提出的天花板和地板機(jī)關(guān)的猜想被光彥等人否認(rèn)，難道妖怪倉庫真的存在？

從昏迷中醒來的陽菜趁父母爭(zhēng)吵之際悄悄溜出醫(yī)院，按照歹徒的指示去拿彩虹之子，而這一切都在柯南的預(yù)計(jì)范圍內(nèi)，他讓服部暗中進(jìn)行追蹤，期間，小蘭用她撿到的步美的徽章聯(lián)系上了少年偵探團(tuán)并暗示她所在的地點(diǎn)，雖然歹徒發(fā)現(xiàn)了服部等人，但柯南還是找到了陽菜和歹徒要去的地方，見勢(shì)不妙想要逃跑的歹徒被得到救援的小蘭一招制服，然而，幕后的指使者卻另有其人。

連續(xù)三年都會(huì)在生日時(shí)會(huì)收到恐嚇信的保科琉璍子，為了今年的生日會(huì)能夠順利舉行而邀請(qǐng)毛利作為保鏢。來到保科宅邸的小五郎眾人發(fā)現(xiàn)屋子里有著眾多的時(shí)鐘，而對(duì)于時(shí)鐘的準(zhǔn)時(shí)性屋子的主任琉璍子也似乎有著非常人的執(zhí)著。在參觀屋子的時(shí)候柯南眾人還得知了屋子以前發(fā)生的事故，就在生日宴會(huì)中剛剛吹熄蠟燭的琉璍子突然被刺身亡！