為了打開藏有珍貴月長石的機關盒，鈴木次吉郎準備在鈴木大圖書館將機關盒展出，并邀請各界人士前來打開機關盒。同時，他也向怪盜基德發出了邀請，希望借此機會吸引基德并將其繩之以法。收到邀請函的基德如約而至，正當眾人專心致力于打開機關盒時，基德已偷偷偽裝成其他人的模樣伺機以動。柯南能否順利找出基德真身？

17年前日本將棋四冠王羽田浩司遇襲案讓柯南非常在意，和他同日遇害的還有同一酒店的美國資本家阿曼達，柯南和灰原推測這是組織所為，但羽田浩司遇害時的房間卻不像是組織的一貫風格。地產公司社長被害時手里拿著阿笠博士發明的剪刀，目暮警官請阿笠博士來說明剪刀的用途看是否能為破案提供幫助，柯南注意到這次的案件卻與17年前羽田浩司遇害案非常相似。

柯南等人幫助舊書店店主裕次郎搬運書籍，并在書店遇到了裕次郎的兒子一郎。一郎對于父親經營舊書店的事感到很不滿，爭執中眾人不歡而散。在光彥的帶領下，柯南等人來到了舊書店旁的公園，準備觀看蒸汽機車發動的場面，并在等待的途中偶遇了一郎。正當眾人與蒸汽機車合影完畢返回書店時，卻發現裕次郎被壓在了倒塌的書架下面……

唐三放心不下父親唐昊，知道他是因為思念死去的妻子三妹才日日借酒澆愁，唐昊借口回來拿那根針，和唐昊依依惜別，唐昊答應以后不再喝酒，對唐三千叮嚀萬囑咐，唐三發誓要做最厲害的魂師，希望學成歸來唐昊能把母親的事全部告訴他。村長帶著唐三很快來到諾丁魂師學苑，自稱大師的玉小剛在門口悠然自得看書，他檢驗了唐三的武魂就放行，學員柳龍卻攔住了唐三，對他冷嘲熱諷一番，逼他拿出推薦信，唐三沒有推薦信，素云濤事先給了他一塊武魂殿的推薦令，讓他直接來學苑當附課生，而且學費和食宿全免，柳龍對唐三出言不遜，要把村長趕走。蕭塵宇及時趕來為唐三解圍，他是諾丁城城主的兒子，是唐三的同門，熱情歡迎他入學，還幫他安排好宿舍，村長才放心離開了。蕭塵宇聽說唐三是武魂殿推薦的，斷定他的武魂是很特別的，唐三承認是藍銀草，柳龍對這個廢武魂嗤之以鼻，唐三自詡天生滿武魂，蕭塵宇和柳龍立刻驚呆了，斗羅大陸上很少有人擁有天生滿武魂。玉小剛立刻追上唐三，根據他的研究推測唐三應該不止一個武魂，所以他苦苦追問唐三的另一個武魂，唐三想起父親的囑托，他找各種借口掩飾，玉小剛知道他在說謊，也沒有多問，就帶他去辦入學禮，還簡單介紹了學苑的情況，玉小剛讓唐三

唐三召喚出藍銀草，藍銀草迅速長大，緊緊纏住玉小剛的手臂，還在上面寄生出新的藤蔓，玉小剛的傷口處都沒有感到一絲疼痛，他欣喜若狂，這就證實了唐三的第二魂環繼承了鬼藤的寄生能力，以后就可以把藍銀草的種子神不知鬼不覺埋在對手的皮膚表面，然后用鬼藤把對手死死纏繞。唐昊蒙面來到諾丁城，他當街攔住城主的轎子，在大庭廣眾之下把他殺了。當天夜里，諾丁城里歡聲雷動，人們自動取消宵禁，聚攏在街上載歌載舞。唐昊連夜趕回圣魂村，屏蔽唐三和小舞，悄悄把玉小剛叫出來，交給他一瓶修復武魂的藥水，讓他們三人用完以后好好休息一晚，就可以完全恢復了，唐昊承認殺死了諾丁城主，他不想驚動唐三，想不告而別。唐三突然跟出來，他通過藍銀草感知到有人走近，唐三跪下向唐昊認錯，發誓再也不會離開家，答應以后再也不問他以前的事了，就想和唐昊繼續在這里隱居，平平安安過一輩子，唐昊想讓唐三盡快獨立，讓玉小剛帶他去一個最適合的地方，說完這些話，唐昊就揚長而去。唐三向大師打聽父親的真實身份，他避而不答，唐三想去最好的魂師學苑，成為最強大的魂師，由于唐昊堅決不許唐三去武魂殿，玉小剛給他詳細介紹了七大宗門辦的魂師學苑，各大門宗都很排外，一旦加入終身不得