某天，小五郎收到一封請(qǐng)求信，一個(gè)叫中村操的人說(shuō)他搬進(jìn)繼承的別墅之后，就碰到很多詭異的事情，到達(dá)后，柯南發(fā)現(xiàn)這個(gè)別墅確實(shí)充滿謎團(tuán)，大門(mén)扶手缺少的雕像，別墅里隨處可見(jiàn)動(dòng)物時(shí)鐘，所有數(shù)字型時(shí)鐘相同的刮痕，在屋頂?shù)拈w樓里好像有人，跟十年前疾風(fēng)竊盜集團(tuán)有關(guān)的新聞資料，高爾球袋上的DEMON字樣，另外，還有從鴿子時(shí)鐘里出來(lái)的恐怖妖怪，解開(kāi)這些謎團(tuán)的鑰匙在哪里呢？

貴和子的未婚夫雅彥打來(lái)電話希望朋友們可以把保險(xiǎn)證送到醫(yī)院，于是，一群人便驅(qū)車(chē)趕往醫(yī)院，途中柯南從小蘭和她媽媽妃英理的談話中得到啟示，趕到醫(yī)院時(shí)貴和子還沒(méi)有脫離危險(xiǎn)，柯南麻醉小五郎后，讓大家來(lái)到院長(zhǎng)室將整個(gè)案件的來(lái)龍去脈詳細(xì)分析，并找出了蓄意謀害貴和子的兇手。

小蘭到上森老師的烹飪教室去上課，菜做到一半屋里突然停電，這時(shí)，烹飪老師上森美智卻不知道被什么人刺傷了背部之后身亡，這名兇手利用繩子和冰塊早就事先制造了一個(gè)會(huì)自動(dòng)斷電的裝置，調(diào)查結(jié)果還發(fā)現(xiàn)，兇手從外部進(jìn)入屋內(nèi)行兇的可能并不成立，那么兇手就是屋內(nèi)除去柯南三人的其他幾名學(xué)生。

次日，暮目警官來(lái)到石本的公司詢問(wèn)案件，石本說(shuō)出了自己曾被平岡威脅的事，本以為案子就以認(rèn)定平岡為兇手了結(jié)的時(shí)候，躲在社長(zhǎng)室的柯南發(fā)現(xiàn)曾與幸子見(jiàn)面的男子從屋子里拿走了一個(gè)遙控器，而這名可疑男子其實(shí)是幸子的男朋友柴田健一。小五郎讓所有案件相關(guān)人員來(lái)到派對(duì)現(xiàn)場(chǎng)并說(shuō)柴田就是兇手，可由于他的錯(cuò)誤判斷，柯南只好再次將他麻痹以找出真兇。

柯南等人來(lái)到一所蓋有五重塔的鄉(xiāng)間寺廟，因?yàn)檫@里要開(kāi)發(fā)觀光而導(dǎo)致寺方和觀光公司產(chǎn)生了爭(zhēng)執(zhí)，次日，觀光公司的社長(zhǎng)小田英明被人發(fā)現(xiàn)尸體吊在五重塔的尖端，就好像五重塔的傳說(shuō)一樣，凡是破壞寺廟戒律，都會(huì)嘗到惡果。在對(duì)尸體及其周?chē){(diào)查后，柯南找到了真正的案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)。