為陪園子買東西，柯南和小蘭來(lái)到一家百貨公司，可小五郎卻莫名奇妙的被牽扯進(jìn)目暮警官等人為引誘歹徒現(xiàn)身而設(shè)下的圈套，之后，目暮警官表示他們正在調(diào)查一起連續(xù)的毆打婦女案，柯南在這些受害人的照片中發(fā)現(xiàn)她們都是這家百貨公司客人的這一共同點(diǎn)，這時(shí)，小蘭卻在百貨公司的地下停車場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了一名女性的尸體，雖然目暮警官立刻進(jìn)行辦案，但柯南卻發(fā)現(xiàn)他與平常有所不同。

雖然對(duì)現(xiàn)場(chǎng)進(jìn)行了調(diào)查，但警方無(wú)論如何都找不到?jīng)Q定性的證據(jù)，束手無(wú)策之時(shí)，小五郎提出了他的自殺論，并且得到了目暮警官的認(rèn)同，就在警方準(zhǔn)備以自殺結(jié)案時(shí)，話劇中的黑衣騎士突然出現(xiàn)，在否定了自殺論之后，他摘掉面具，而面具下面正是那張讓小蘭朝思暮想的面容，沒(méi)錯(cuò)，真正的工藤新一登場(chǎng)，在進(jìn)行了一番精彩絕倫的推理后，他卻再次昏倒……

死者是奈緒子，柯南和服部在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了魚鱗和腳印，然而腳印的方向卻通向大海，只靠這些零星的線索，根本無(wú)法抓到兇手。這時(shí)，君惠說(shuō)她有今年祭典購(gòu)買號(hào)碼牌的名冊(cè)，于是柯南一行人前往神社，悲劇再次發(fā)生，君惠為找名冊(cè)死在倉(cāng)庫(kù)的大火之中。之后，柯南和服部分頭行動(dòng)，服部發(fā)現(xiàn)了新的線索，正巧此時(shí)柯南打來(lái)電話，他到底推理出了怎樣的真相而讓服部吃驚不已？上山找門脅時(shí)，和葉為救服部墜落懸崖，她能否化險(xiǎn)為夷？

小五郎因?yàn)橹辛瞬势睅е√m和柯南一起享受可以在南紀(jì)白濱住上一晚的旅行，并在那里結(jié)識(shí)了寫生旅行的醫(yī)科大學(xué)學(xué)生新莊真紀(jì)，由良達(dá)彥，宮原加奈子，藤浩太，三井元，五人之間似乎有著復(fù)雜的關(guān)系。第二天毛利他們偶然遇見(jiàn)了藤浩。正巧慌張的三井給藤浩的手機(jī)打來(lái)了電話說(shuō)三段壁的樹(shù)林里發(fā)現(xiàn)真紀(jì)胸口中刀被殺。而柯南發(fā)現(xiàn)散落在現(xiàn)場(chǎng)鑰匙的疑點(diǎn)。

霧之峰賓館的主人寺院晚上開(kāi)車出去兜風(fēng)，第二天在停車場(chǎng)發(fā)現(xiàn)坐在車子里的寺院已經(jīng)死了。在調(diào)查的過(guò)程中發(fā)現(xiàn)每個(gè)人和寺院似乎都有過(guò)節(jié)。柯南發(fā)現(xiàn)車罩上裂痕的疑點(diǎn)，而停車場(chǎng)看守的證詞又增加了疑團(tuán)。最終柯南發(fā)現(xiàn)了犯人的犯罪手法并當(dāng)場(chǎng)演示給眾人，而殘留的焦油也暴露了兇手的身份。