少年偵探團(tuán)到商場(chǎng)看假面超人秀。在回去的路上，元太為了拿回忘在商場(chǎng)里的假面超人簽名被關(guān)在了已經(jīng)打烊的店里。誰知外表看似寂靜的百貨公司實(shí)際上卻一點(diǎn)也不安靜。戴著面具的人偶挾持了警衛(wèi)和工作人員！看似單純的強(qiáng)盜事件幕後竟還有共犯。遇上了強(qiáng)盜集團(tuán)的少年偵探團(tuán)正陷入極度的危險(xiǎn)之中！最終少年偵探團(tuán)的孩子們成功的化解了百貨公司的危機(jī)。

小五郎等人代替感冒的阿笠博士到伊豆參加推理之旅。活動(dòng)規(guī)定，如果能夠找出推理之旅的主辦人就可以免費(fèi)住宿并可獲得一個(gè)包含某種病毒程序的磁盤。但是在旅途中不知什么人扮成暗夜公爵把柯南從欄桿上推了下去！之后柯南打電話詢問阿笠博士關(guān)于程序的事情得知了病毒的事情。晚餐后回房間時(shí)柯南和小蘭偶遇和明子發(fā)生口角的前田并被前田邀請(qǐng)卻觀看夜景。就在這時(shí)暗夜公爵卻墜樓生亡！

某天小五郎偶遇了大木田社長(zhǎng)并把自己的名片給了他。之后的晚上大木田突發(fā)心臟病身亡，而小五郎和小蘭，柯南為了配合調(diào)查也來到大木田的家里。在調(diào)查了現(xiàn)場(chǎng)之后柯南發(fā)現(xiàn)了大木田大量出汗的事實(shí)，而從現(xiàn)場(chǎng)外面的花和點(diǎn)心處發(fā)現(xiàn)了大木田死亡的真正的原因。之后柯南得知了社長(zhǎng)和司機(jī)之間的矛盾后推理的方向也越加明確最終柯南以新一的身份告訴了暮目警官犯人的真實(shí)身份并抓獲了犯人。

就在警察要強(qiáng)行帶走小五郎時(shí)，柯南在機(jī)械室和浜田的尸體上發(fā)現(xiàn)的有力證據(jù)幫他洗清了嫌疑，而目前最有可能殺人的就是上原，當(dāng)大家要暗中逮捕上原時(shí)，木下出面說自己去勸他自首，五分鐘后，屋內(nèi)響起槍聲，上原射傷木下逃跑。柯南重新回到竜神號(hào)調(diào)查并和鈴一起進(jìn)入海軍山洞，卻在這里發(fā)現(xiàn)上原的尸體……

阿笠博士送給柯南一幅追蹤犯人眼鏡，柯南本想把發(fā)信器粘在小蘭身上，卻陰錯(cuò)陽(yáng)差的粘在了來偵探事務(wù)所找爸爸的雅美手表上，根據(jù)女孩提供的信息柯南在賽馬場(chǎng)找到了女孩的爸爸健三，事情本應(yīng)就此結(jié)束，可第二天傳來的卻是健三的死訊，擔(dān)心雅美有危險(xiǎn)，柯南利用追蹤器找到了一個(gè)高大的男人并非雅美，從柯南另一個(gè)參與此事的偵探口中得知此事并非尋人那么簡(jiǎn)單，深入調(diào)查過程中，又出現(xiàn)了一樁命案。