小五郎帶著小蘭等人去京都參朋友的婚禮，在新干線上柯南看見了兩名可疑黑衣男子，他利用阿笠博士送他的眼鏡竊聽到了不得了的事情——這輛新干線上有炸彈并且即將爆炸，眼看黑衣人離開新干線，柯南只能憑自己找到那只裝有炸彈的黑皮箱，鎖定了炸彈所在的車廂后，柯南對(duì)車廂里的四人進(jìn)行試探，卻毫無(wú)頭緒，關(guān)鍵時(shí)刻元太的一句話提醒了他。

小五郎參加電影《死神陣內(nèi)》試映會(huì)時(shí)，主演南條的太太拜托他幫忙處理最近收到的恐嚇信，但南條卻不以為然。夜晚各家媒體守在南條公司下等待死神陣內(nèi)的出現(xiàn)，可沒想到死神真的出現(xiàn)了，在大家追死神的時(shí)候，南條被殺，警方在兇案現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了許多黑色絕緣膠帶，一波未平一波又起，去六樓的南條經(jīng)理人吉野遭到槍襲，大家都認(rèn)為電臺(tái)導(dǎo)演大野嫌疑最大，但大野卻說(shuō)有一個(gè)人比他更有殺人動(dòng)機(jī)。

柯南在朋友們?nèi)D書館做讀書報(bào)告時(shí)，警察突然來(lái)詢問圖書館職員玉田失蹤一事，館長(zhǎng)津川表示自己也不清楚，警察做了簡(jiǎn)單的搜尋后離開。但少年偵探團(tuán)留到夜晚做深入調(diào)查，期間館長(zhǎng)曾鬼鬼祟祟的來(lái)過(guò)一次，等他離開后，大家發(fā)現(xiàn)館長(zhǎng)在利用圖書館進(jìn)行販毒交易，當(dāng)他們找到被館長(zhǎng)殺害的玉田的尸體時(shí)，沒想到館長(zhǎng)也發(fā)現(xiàn)了他們，少年偵探團(tuán)能否順利脫險(xiǎn)？

來(lái)到第4個(gè)房間，日期顯示的是小五郎策劃的一次婚禮的時(shí)間。這天，小五郎的朋友本木結(jié)婚，由小五郎策劃婚禮。新一被小五郎“聘用”為助理。新一在“工作”中發(fā)現(xiàn)本木與一個(gè)叫做娜娜的女生有外遇。在婚禮現(xiàn)場(chǎng)，新人收到了一個(gè)名為“偷吃我就殺了你”的祝福郵件，新一能保護(hù)好大家嗎？

小五郎的師傅塩田，在劇院找到了處理威脅事件的小五郎，而此時(shí)，他們正趕上女主角祥子和男主角宇田彩排一出殉情的戲碼，可祥子卻在演戲中被真正的毒殺，當(dāng)所有的嫌疑都指向和水杯有關(guān)系的館岡和中山時(shí)，塩田卻搖頭否認(rèn)，期間小五郎意外受傷而離開。思考陷入瓶頸的柯南，從塩田突然談起的芥川龍之介的《蜘蛛絲》得到啟示，找出了兇手。