霧之峰賓館的主人寺院晚上開(kāi)車出去兜風(fēng)，第二天在停車場(chǎng)發(fā)現(xiàn)坐在車子里的寺院已經(jīng)死了。在調(diào)查的過(guò)程中發(fā)現(xiàn)每個(gè)人和寺院似乎都有過(guò)節(jié)。柯南發(fā)現(xiàn)車罩上裂痕的疑點(diǎn)，而停車場(chǎng)看守的證詞又增加了疑團(tuán)。最終柯南發(fā)現(xiàn)了犯人的犯罪手法并當(dāng)場(chǎng)演示給眾人，而殘留的焦油也暴露了兇手的身份。

為了采集蘑菇少年偵探隊(duì)一行人全部進(jìn)了山里，忙著采菇的時(shí)候，元太竟然誤入狩獵區(qū)。無(wú)奈之下，大家只好兵分兩路分頭尋找，沒(méi)想到灰原和光彥居然發(fā)現(xiàn)被人獵殺的尸體，害他們自己反成了射殺的目標(biāo)。另一邊，找到元太之后，大伙兒便和三名獵人一起沿著山區(qū)的小路尋找灰原和光彥的蹤影。

柯南、小蘭和小五郎回家的路上，看到一間公寓里有人發(fā)生了爭(zhēng)吵，正準(zhǔn)備上前阻止時(shí)，一位老人說(shuō)這種爭(zhēng)吵已成家常便飯，不用理會(huì)。然而，第二天居然在這間公寓里發(fā)現(xiàn)了尸體，就在小五郎懊悔沒(méi)能救人時(shí)，事務(wù)所突然沖進(jìn)了一位叫中本的年輕人，他聲稱自己是無(wú)辜的，雖然昨晚看似自己和死者在一起發(fā)生了爭(zhēng)吵，可這根本就是死者所演的獨(dú)角戲，隨后小五郎又找到了能證明他清白的錄音帶，本以為一切塵埃落定，柯南卻發(fā)現(xiàn)了其中的蹊蹺。

柯南得知了整個(gè)案件的真相之后，將小五郎麻醉并把旅店的所有人都叫到廚房，他首先請(qǐng)出了這起案件的關(guān)鍵——三郎，就在大家疑惑時(shí)，屋子里又出現(xiàn)了一只和三郎一樣的狗，柯南道出了連老板娘都不知道的隱情……解釋清楚三郎的事情后，接下來(lái)就是戳穿兇手，揭示真相的時(shí)刻，兇手根本就不是森林里帶黑色針織帽子的男子，相反的她就在這間旅店中，沒(méi)錯(cuò)，兇手就是……

沒(méi)想到灰原調(diào)配的解毒劑能夠長(zhǎng)久的維持這具變大的身體，而與新一能同時(shí)出現(xiàn)在小蘭面前的柯南其實(shí)也灰原偽裝的，這樣就完全解除了小蘭的懷疑，之后，新一將小蘭約到米花中央大樓的瞭望餐廳吃飯，并想乘此機(jī)會(huì)表明心跡，然而卻在這時(shí)發(fā)生了命案，新一暫時(shí)拋下小蘭去解決案件，并且成功推斷出了兇手就是大場(chǎng)先生。