柯南注意到恐怖妖怪的頭上分別有「R」「L」「N」三個(gè)字母，并將數(shù)字時(shí)鐘上被劃痕分開(kāi)的11：0結(jié)合起來(lái)，解開(kāi)了屋內(nèi)的謎題，在他的提醒下，小五郎也逐漸的明白了這些暗號(hào)的含義，到了夜晚，大家按照屋主留下的暗號(hào)，再次回到了鴿子時(shí)鐘下面，讓他們驚訝的是這次從時(shí)鐘里出現(xiàn)的不是妖怪而是……

小五郎受學(xué)生時(shí)代認(rèn)識(shí)的房東太太宗田光江之托，開(kāi)導(dǎo)她最近不知為何事而消沉的孫子阿真，數(shù)次敲門無(wú)人回應(yīng)，光江用備份鑰匙把門打開(kāi)，卻發(fā)現(xiàn)屋內(nèi)一片狼藉，而且墻壁上還涂滿了用紅色蠟筆畫(huà)的線，大家在浴室發(fā)現(xiàn)了割腕而死的阿真，光江讓柯南找來(lái)醫(yī)科大學(xué)的房客城戶，但已經(jīng)為時(shí)已晚，小五郎斷定這是自殺案件，但光江和柯南卻認(rèn)為是被人抹殺，這時(shí)，大家注意到了在建筑模型里的鑰匙，也就是說(shuō)這是密室殺人事件！

對(duì)暗號(hào)進(jìn)行仔細(xì)研究后，柯南將其破解，順著暗號(hào)的指引，他們找到了暖爐下新的圖案，只是這個(gè)暗號(hào)指向了盤(pán)子，一切又回到了原點(diǎn)，柯南百思不得其解，之后，他注意到這些帶有暗號(hào)物品的擺設(shè)位置，將他們連成一線，沒(méi)錯(cuò)，機(jī)關(guān)就是天花板上的吊燈，將吊燈旋轉(zhuǎn)后，二樓的密室被打開(kāi)，然而這個(gè)閣樓上居然有一堆白骨！

和葉被人帶走不知去向，與此同時(shí)，柯南、服部和小五郎三人正對(duì)信一的死亡現(xiàn)場(chǎng)進(jìn)行調(diào)查，期間，女傭鹽谷給他們送來(lái)宵并講述了三年前所發(fā)生的事情。當(dāng)?shù)弥腿~被人擄走消息后，大家分頭尋找，最終在倉(cāng)庫(kù)里找到了纏滿細(xì)線的和葉，所幸生命沒(méi)有受到威脅。之后，柯南和服部又發(fā)現(xiàn)了襲擊和葉用的電擊棒和BB彈，再次返回案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)又找了新的線索，兇手就是那個(gè)人沒(méi)錯(cuò)！

發(fā)生了這種不幸的事，小五郎帶著柯南、小蘭來(lái)到小惠家看望她，期間，柯南借上廁所之名跑到二樓的書(shū)房進(jìn)行調(diào)查，他發(fā)現(xiàn)在電話線和墻壁連接的地方有膠帶的痕跡，之后又跑去案發(fā)時(shí)的車庫(kù)，看到車庫(kù)的上方的窗子，更加確定了自己的推測(cè)——這起汽車爆炸事件另有隱情，數(shù)日后，小五郎再次來(lái)到小惠家，然而此次前來(lái)的目的卻是……