少年偵探團(tuán)聽(tīng)同學(xué)說(shuō)她們家的房客中有一個(gè)十分刻板且循規(guī)蹈矩的男人，尤其是遇上亂扔垃圾的人就會(huì)對(duì)他們訓(xùn)斥一番，出于好奇，柯南他們便前去見(jiàn)這個(gè)叫巖田的先生。沒(méi)想到三天之后，巖田居然去警局自首說(shuō)自己失手殺人，雖然是正當(dāng)防衛(wèi)不予追究，但警察還是對(duì)巖田的生活以及他的朋友等人進(jìn)行了調(diào)查，卻發(fā)現(xiàn)事情并不像他描述的那么簡(jiǎn)單。

服部、和葉來(lái)到東京與柯南他們賞櫻的時(shí)候，一名來(lái)自升岳寺的小和尚突然找到小五郎拜托他調(diào)查一件古怪的事情，他說(shuō)幾天前寺里來(lái)的一個(gè)女施主腹部刺傷血流遍地的倒在別館里，但當(dāng)他叫師父和警察來(lái)時(shí)，屋內(nèi)卻空空如也。于是，柯南，服部等人一同前往調(diào)查，除了在屋內(nèi)發(fā)現(xiàn)耳環(huán)固定夾再?zèng)]有別的線索，就在他們離開(kāi)之前小和尚傳久說(shuō)屋里又有女尸，待柯南趕到時(shí)，卻什么也沒(méi)有，難道這都是傳久的幻覺(jué)？

柯南等人急匆匆的跑去米花公園的池塘里看被人丟棄的咬人龜，期間，他們遇見(jiàn)一個(gè)冒牌飼主二本松，雖被識(shí)破但他還是用花言巧語(yǔ)騙過(guò)了光彥等人，可讓他沒(méi)想到的是池塘里居然會(huì)冒出四只咬人龜，不知出于什么目的，他決定全部收養(yǎng)，柯南覺(jué)得二本松的行為很可疑，于是就暗中進(jìn)行調(diào)查，發(fā)現(xiàn)他與一起搶劫案有關(guān)，可他為什么要領(lǐng)養(yǎng)咬人龜？

根據(jù)這個(gè)如此漏洞百出的犯案現(xiàn)場(chǎng)，柯南推斷前來(lái)拿走照片的人并不是黑暗組織，為查明真相，柯南讓店長(zhǎng)分別給三個(gè)有備份鑰匙的人打電話詢問(wèn)他們的行蹤，卻并未發(fā)現(xiàn)有何異樣，然而，一切都逃不過(guò)柯南敏銳的眼睛，他將凳子上汗?jié)n與這三個(gè)人是身形相聯(lián)系，斷定拿走照片的人就在他們之中并且這個(gè)人現(xiàn)在就在房間里。

柯南認(rèn)為這并非單純的自殺事件，期間一定存在兇手X，于是他匆忙跑去調(diào)查，與此同時(shí)，原本陪委托人床前小百合慢跑的小五郎也察覺(jué)到了蛛絲馬跡，當(dāng)他趕到與浦生良造初次見(jiàn)面的餐館時(shí)碰巧遇見(jiàn)了柯南，兩人一起尋找線索，雖然關(guān)鍵性的證據(jù)被暗中襲來(lái)的兇手搶走，但小五郎還是知道了兇手是誰(shuí)，面對(duì)真相與友誼，身為偵探的小五郎該做何選擇？