園子的叔叔次郎吉因為抓不到基德而整日噩夢纏身，于是，他再次策劃了基德抓捕計劃，這次他以寶石涼鞋“紫色指甲”為誘餌，并將展示臺設(shè)在基德不能使用滑翔翼的銀座正中央地面上，在粉絲們的期待下基德出現(xiàn)并成功拿到寶石，就在這時，四個路口被巨大的網(wǎng)子隔開，猶如籠中鳥的基德從容不迫，放出煙霧后瞬間移動到了30公尺高的大樓，因為其中一顆寶石是贗品，于是他宣布自己次日還會再來。

沒過多久本堂瑛佑再次找到小五郎說他在網(wǎng)上發(fā)現(xiàn)了一件有趣的事情，于是就把他們帶到了鳥矢町，沒想到竟然在這里遇見了高木和目暮警官，他們正在調(diào)查一起兇殺案，死者是住在附近的船本太太，就在大家詢問案情的期間，船本家的兒子透司說兇手是一個穿著黑衣服的外國女人，難道是黑衣組織？這時，柯南突然想起這個小男孩就是曾出現(xiàn)在水無憐奈車禍現(xiàn)場的人。

小五郎、柯南和小蘭去鐮倉看繡球花的時候遇見了一樁命案，死者是資產(chǎn)家矢口九衛(wèi)門，警方立刻聯(lián)系了死者的兒子祿郎、明彥和公夫，分別對他們進(jìn)行偵訊，發(fā)現(xiàn)每個人都有作案動機(jī)和嫌疑，但他們卻有不在場的證明。死者的三個兒子不但沒有為父親的死感到悲傷反而因為遺產(chǎn)分配問題爭吵不休，看透真相的柯南將小五郎麻醉道出老先生的死因以及一個父親的哀傷。

當(dāng)晚，這名潛入醫(yī)院的黑暗組織同伙南田陸道果然展開了行動，但同時FBI也暴露了行動，南田陸道在驅(qū)車逃跑的過程中舉槍自盡，雖然柯南破壞了他的手機(jī)但他還是通過其他手段將搜集來的信息傳給了組織。既然事情發(fā)展到這種地步，轉(zhuǎn)院無疑就是在向黑暗組織昭示水無憐奈就在這里，所以只能另想對策。另一方面，英祐伺機(jī)潛入了水無憐奈的病房，并發(fā)現(xiàn)她早已從昏迷中蘇醒。

就在媒體哄作一團(tuán)采訪及川的時候，柯南獨自展開了調(diào)查，他從守畫室的門衛(wèi)那里得知了及川在案發(fā)前的小動作，之后又在屋后發(fā)現(xiàn)了釣魚線，受到高木警官魔術(shù)的啟示，柯南破解了兇手的作案手法同時也得知了《青嵐》的所在，他利用老方法將小五郎麻醉并重現(xiàn)案發(fā)時的場景，最終將犯人繩之以法。案件了結(jié)以后，柯南雖戳破基德的偽裝，但這次他能抓到基德嗎？