阿笠博士帶著少年偵探團到深山里挖竹筍的時候，車子突然出現(xiàn)故障，柯南等人被迫留在深山之中。為了避雨而來到這里別墅區(qū)的少年偵探團被一陣鋼琴聲所吸引，于是，大伙兒進入這棟別墅，雖然這里有人生活的痕跡卻沒有看到半個人影，而且留在現(xiàn)場的日記還寫著可怕的內(nèi)容，之后大家決定找出日記中出現(xiàn)的被綁架男孩，這時，屋內(nèi)突然停電，伴隨著少年偵探團的恐慌鋼琴聲再次響起。

小蘭和小五郎按照指示來到了車站，就在這時阿波羅發(fā)現(xiàn)了在車站里奇怪的男人并得到了接下來的線索U字。之后小蘭一行來到了接下來的提示的瓷器店而這時阿波羅和母親一起離開剩下小五郎和小蘭繼續(xù)尋找線索。第二天在警方的要求下小蘭眾人繼續(xù)破解沒有完全解開的暗號，而就在眾人解開暗號來到會場之后，柯南發(fā)現(xiàn)賽場上的米奈芭有些不對勁！

柯南被小五郎拜托照顧一個叫圣誕的兩歲孩子，因為他的媽媽石川茂子最近總是被不明人士跟蹤，于是小五郎暗中進行保護，沒想到在茂子幫清潔公司送衣服是時候被人綁架，為解救人質(zhì)尋找更多的線索，柯南和圣誕來到他的家里進行調(diào)查，在一片狼藉的屋內(nèi)柯南發(fā)現(xiàn)了鳥的羽毛，這一定是從歹徒身上掉下來的，之后，他和圣誕一起展開了行動，最終柯南找到綁架犯，而這一切竟然是一場無聲的誤會！

大家二次來到倉庫后發(fā)現(xiàn)了在門上方供奉著的神壇，而讓柯南更為好奇的是神壇對面的大算盤，這很可能是啟動機關(guān)的鑰匙，仔細(xì)觀察倉庫之后，柯南發(fā)現(xiàn)了其中的蹊蹺，他叫來警察與他一起根據(jù)灰塵的多少撥動算珠，果不其然，天花板漸漸向下移動，警察不僅在這里找到了被盜的寶物還抓住了偷盜者，案件結(jié)束后，柯南揪出了那個一直暗中幫助元太他們的“軍師”，而這個人正是……

為了消除基德偽裝成他人的可能，少年偵探團分別承擔(dān)起了看守四個臺座的重任，就在這時，屋內(nèi)突然停電，只能聽見電流嗞嗞的聲音以及窗外吹進的風(fēng)的呼呼聲，屋內(nèi)很快恢復(fù)了光亮，但大家發(fā)現(xiàn)在這短短的一分鐘內(nèi)，基德不動聲響的將柯南電暈打開中間的立柱盜走了麒麟角，灰原發(fā)現(xiàn)這四個臺座分別代表了四神獸，這或許與三水吉右衛(wèi)門刻在柱子上的話相關(guān)，在沒有柯南的幫助下，少年偵探團能否找到被盜的麒麟角？