戲園被圍，福康安領兵搜查后臺，紀曉嵐自言貪戀風情，才流連忘返，極力為莫愁、小月開脫罪名，且出謀劃策，鼓勵二人告倒贓官、為民伸冤，聽得與此案有干系的和與福康安是心驚肉跳。 四姑娘探知皇上要微服去燕城尋母，慫恿十四王爺借機取而代之；和等為自身利益謀，深怕失去對自己寵幸有加的保護傘，極力阻撓皇上出行。不想皇上尋母心切，哪里聽得進去。并邀小月、莫愁和紀曉嵐相伴，風塵仆仆直往燕城而去。一路所見，多是當地災民之慘狀，頗為痛心疾首。亦下定決心，要紀曉嵐查清事實，嚴加處置那些魚肉百姓的貪官污吏。 一行人初到燕城，與守城衛(wèi)兵發(fā)生沖突，雙方大打出手，為免泄露身份，紀曉嵐與小月、莫愁與“許仙”各扮夫妻住進“天龍客棧”。客棧掌柜被蒙蔽，誤將他們認作是“軍機大臣和”。 和、福康安合謀利用十四王爺篡位之野心來轉移皇上的注意力。 莫愁無意間由“許仙”手中的一把折扇了解到眼前之人乃是九五之尊的當朝天子，不禁百感交集，日思夜想為民除害，未知一國之君近在眼前。

紀曉嵐義正詞嚴，歷數“監(jiān)糧”案中上下官吏貪污、無恥的惡行，皇上萬分震驚。但鑒于牽扯人員太多，法不責眾，只將主犯王旦望正法，以震懾那些貪心亡命之徒。 貪官污吏被繩之以法，百姓歡呼雀躍，紀曉嵐不敢放松警惕，居安思危，某日，負責登記王旦望被抄沒家產的文書王斬柱，向紀曉嵐透露，王家贓物中不少貴重珍品已被私吞。 莫愁、小月閑來無事，拿和消遣，硬要他陪同逛街，三人信步來到一古玩店，竟有意外收獲，先后購得一枚蘇卿憐曾戴的頭飾和名畫《清明上河圖》。和明知這都是被官府沒收的贓物，命人告密，大內侍衛(wèi)領兵查封了古玩店和當鋪，和又借機敲詐“監(jiān)糧”案主審江南道御史陳輝祖。 從莫愁、小月的閑聊中，紀曉嵐得知贓物出處，陷入對這個“案中案”的沉思當中。 陳輝祖早就準備了一厚一薄兩本帳冊，應付府衙存檔，并決定將罪過推倒因害怕報復正逃之夭夭的王斬柱身上。

乾隆拜祭顏驥，碰到女扮男裝的如玉。乾隆對如玉的見解產生興趣。這時殺手趕到，乾隆挺身相救，并帶如玉從樓上一躍而下逃脫了追殺。紀曉嵐想到往年和珅都請自己給太后寫祝壽賦，于是想借此來向和珅交換煙桿。誰知和珅拿出戴沾的祝壽賦來賣弄，紀曉嵐仔細看過后指出賦中暗藏對太后不敬之辭，和珅氣急敗壞。御醫(yī)為如玉療傷，卻發(fā)現如玉實為女兒身。得知紀曉嵐將賦中暗語告訴和珅，戴沾痛斥紀曉嵐。紀曉嵐苦口婆心規(guī)勸戴沾不要因一時沖動而葬送終生，兩人盡釋前嫌。乾隆下旨除去紀曉嵐《四庫全書》總纂官的職務，和珅幸災樂禍。如玉醒來得知乾隆身份大驚。乾隆佯裝不知如玉為女兒身，邀其共眠，如玉百般推辭。乾隆裝睡，如玉想到乾隆賜死全家，欲殺乾隆報仇，但想到自己為乾隆所救又不忍下手，痛苦之時想一死了之，被乾隆攔下。乾隆心下斷定如玉與顏驥有關。和珅指使同為編纂官的馮大人到獄中探望戴沾，馮慌稱要把戴沾的手稿編纂成冊，卻暗中將手稿交給了和珅，以換取自己落在和珅手中的罪證。乾隆帶如玉前往四庫館。如玉盡顯才學，被乾隆指派到四庫館修書。

紀曉嵐與和聯(lián)手派人護送御醫(yī)呂長安安在回京，這對多年來的冤家對頭即使在相互合作時也不忘反唇相譏，彼此嘲謔。 從呂長安之口，眾人才知四姑娘與十四王爺乃是藥方奇案的罪魁禍首，眼前紙包不住火，陰險毒辣的十四王爺決定丟卒保車，要四姑娘刺殺紀曉嵐后再自殺，以消滅罪跡，眼見自己忠心耿耿追隨的人竟如此冷酷無情，四姑娘徹底絕望，將一劑毒藥一飲而盡。 紫禁城內，皇上召見文武百官，和得意洋洋肆意表功，紀曉嵐巧設圈套，使和、福康安挪用貢品的不義之舉和此后協(xié)助自己調查藥方密案的合作之功一一道出，搞得二人一驚一乍。 十四王爺應召入宮見駕，藥方奇案終于到了真相大白的時候。

紀曉嵐欲將揭露云州貪案詳情的帳冊請皇上過目，不想被警惕性極高的小月發(fā)現。無奈之余，靠口技迷惑守衛(wèi)，幫助皇上與一逃離了禁錮。 云州知府吳大人求見皇叔十四王爺及其愛妃四姑娘，大加挑唆利誘。此二人早有覬覦皇位之野心，此番得知皇上落難，不免蠢蠢欲動，欲借刀殺人，從而東山再起。 云州府衙被人縱火，莫愁誤以為關在府衙牢獄中的同黨黃克明遇害，大為悲痛，負氣要殺紀曉嵐報復。幸紀曉嵐有過目不忘之才能，允諾可將已被毀的帳冊毫厘不差地復寫出。恢復自由的皇上決心不惜任何代價解救出這位足智多謀的名士，雙方正欲交換人質時，黃克明卻被一支毒箭身中身亡。紀曉嵐再次倫為莫愁、小月等人的階下囚。朝夕相處中，他的橫絕于世的才華與嫉惡如仇的品格逐漸感染了兩位行俠仗義的女子。 和福康安陪同驚魂未定的皇上看戲解憂，十四王爺、四姑娘亦悄悄躲在角落，虎視眈眈，趁人不備，四姑娘回茶中投毒。