警方調(diào)查期間本山總是鬼鬼祟祟的像是在謀劃著什么，他提議大家一起去吃飯，然后又謊稱自己有東西落在了車上，返回座位偷偷拿走了小蘭裝在包里的網(wǎng)球，然而暗自慶幸計劃成功的本山還不知道，這時的警方和小五郎早在柯南的提醒下，知道了他就是兇手以及他的作案手法，于是，大家暗中尾隨他來到機(jī)場，在他企圖逃逸之前將他的罪行揭穿！

園子拉著小蘭和柯南去蛋糕博物館吃半價蛋糕，在這里每個師傅都有自己的廚房，參加比賽百戰(zhàn)百勝的前田、蛋糕王子藤野以及糖果魔術(shù)師森本都忙著為客人準(zhǔn)備甜點，期間，柯南還在藤野那里嘗試了做木頭蛋糕，就在藤野修飾好蛋糕拿給柯南吃的時候，店里卻發(fā)生了兇案，死者是蛋糕店長橋垣，而嫌疑最大的就是這三個蛋糕師傅，但警方卻苦于找不到兇器，隨后柯南對每個人的廚房進(jìn)行調(diào)查卻發(fā)現(xiàn)……

柯南、步美等人從博士家里找到了一封四十年前來自博士初戀情人的信，信上除了說每十年在回憶的地點見面之外，還留下了一串像是暗示地點的數(shù)字，而今天剛好是四十年后的相約之日。經(jīng)過推理，他們一行人來到動物園，將信上的數(shù)字與動物入園的順序相結(jié)合，他們找到了飛鼠館，而正巧在他們的面前站著一位女性，她會是阿笠博士的初戀嗎？

放學(xué)后，大家一起去由香家看鸚鵡，可是屋子里竟然出現(xiàn)了一個陌生男子，他說自己是由香媽媽的同事，可以看出由香非常討厭這個男人，之后，她又發(fā)現(xiàn)自己鸚鵡和之前有所不同，元太等人認(rèn)為鸚鵡一定被這個男人調(diào)了包，便瞞著柯南在暗中展開了調(diào)查，沒想到事實真如他們料想一般，那么，他到底有何目的？由香又是否會有生命危險？

大金和港南高中的比賽如火如荼的進(jìn)行著，坐在一旁的大龍警官看著這些在賽場上揮灑汗水的年輕人不禁懷念起了曾經(jīng)為棒球而努力的自己，然而這個地方有人愛自然也有人恨，這時，被人遺落在服部腳邊的手機(jī)響起，沒想到這竟然是一通恐嚇電話，這個自稱甲子園惡魔的人讓服部在比賽結(jié)束前，找到他在觀眾席留下的三支寫有線索的手機(jī)以及他自己的的位置，否則后果不堪設(shè)想，情況危急，服部，柯南和大龍警官便在這茫茫幾萬人的球場中展開了搜查。