在一個(gè)相撲類派對(duì)上小五郎接到了石本誠(chéng)二的委托，因?yàn)樗盏搅艘环獠幻鱽?lái)路的恐嚇信，威脅要將他殺害，當(dāng)會(huì)場(chǎng)燈光轉(zhuǎn)暗，來(lái)賓致詞時(shí)，高田議員經(jīng)過(guò)石本的后面，居然有一發(fā)從控制照明室射出的子彈略過(guò)石本的肩膀，直接貫穿了高田議員的胸部，混亂中，柯南發(fā)現(xiàn)一可疑男子，但第二天，這名男子平岡治郎卻陳尸在一棟廢棄大樓里，原來(lái)大家都被真正的歹徒玩弄股掌。

平次與和葉為代替母親參加朋友的婚禮而來(lái)到東京，就在大家一起游覽東京的時(shí)候，與即將舉行婚禮的森園家的管家重松相遇，在他的要請(qǐng)下，柯南一行人來(lái)到森園家，不幸的是，重松當(dāng)晚不知被何人在密室所殺，事情還沒(méi)有一個(gè)結(jié)果，大批媒體卻蜂擁而至，警方也趕來(lái)介入調(diào)查，這時(shí)，和葉發(fā)現(xiàn)片桐風(fēng)和櫻庭帶著同樣的墜子。

少年偵探團(tuán)一大早搭乘開(kāi)往米花樂(lè)園的電車，當(dāng)柯南以為沒(méi)人和他們一樣時(shí)，就來(lái)了三個(gè)大學(xué)生也上了這趟電車，他們是鐵道研究社的，來(lái)這里是為了拍攝地上電車的照片，期間，川崎下車去前方拍攝行駛的電車，可就在電車急速向前時(shí)，他突然從梯子墜落到鐵軌上，幸虧司機(jī)及時(shí)剎車，他才得以保住一命，然而大家剛松了一口氣，卻發(fā)現(xiàn)堀井橫尸車廂……

柯南等人來(lái)到一所蓋有五重塔的鄉(xiāng)間寺廟，因?yàn)檫@里要開(kāi)發(fā)觀光而導(dǎo)致寺方和觀光公司產(chǎn)生了爭(zhēng)執(zhí)，次日，觀光公司的社長(zhǎng)小田英明被人發(fā)現(xiàn)尸體吊在五重塔的尖端，就好像五重塔的傳說(shuō)一樣，凡是破壞寺廟戒律，都會(huì)嘗到惡果。在對(duì)尸體及其周圍調(diào)查后，柯南找到了真正的案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)。

服部把武田家的人和羅伯叫到發(fā)生兇案現(xiàn)場(chǎng)的二樓倉(cāng)庫(kù)，柯南將小五郎麻醉，在黑暗之中道出兇手所使用的手法，當(dāng)被問(wèn)及兇手是如何在這個(gè)形如密室中的倉(cāng)庫(kù)作案時(shí)，柯南的回答卻是兇手根本沒(méi)有出現(xiàn)在兇案現(xiàn)場(chǎng)，那么兇手到底如何作案？信一為何會(huì)虐待自己的女兒美紗？美紗自殺的真正原因到底什么？是怎么樣的誤會(huì)導(dǎo)致武田家頻頻出現(xiàn)慘案？